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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lt5 | ||||||||||||
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タイトル | HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH THIODIGALACTOSIDE | ||||||||||||
要素 | HEAT-LABILE ENTEROTOXIN | ||||||||||||
キーワード | ENTEROTOXIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Merritt, E.A. / Hol, W.G.J. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Structural foundation for the design of receptor antagonists targeting Escherichia coli heat-labile enterotoxin. 著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Feil, I.K. / Hol, W.G. #1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1994 タイトル: Galactose-Binding Site in Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin (Lt) and Cholera Toxin (Ct) 著者: Merritt, E.A. / Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A. / Hol, W.G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Refined Structure of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin 著者: Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A. / Dauter, Z. / Kingma, J. / Witholt, B. / Hol, W.G. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lt5.cif.gz | 118.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lt5.ent.gz | 96.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lt5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lt5_validation.pdf.gz | 660.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lt5_full_validation.pdf.gz | 670 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lt5_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lt5_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/1lt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/1lt5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 断片: B-PENTAMER / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890 #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: three-layered solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.75 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: DOUBLY-FOCUSED MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.75 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 43351 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.86 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 81 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LTA 解像度: 1.7→25 Å / σ(F): 1 / 詳細: BABINET BULK SOLVENT MODEL /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.72 Å / Total num. of bins used: 25 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.2213 |