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- PDB-1lt1: SLIDING HELIX INDUCED CHANGE OF COORDINATION GEOMETRY IN A MODEL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lt1
タイトルSLIDING HELIX INDUCED CHANGE OF COORDINATION GEOMETRY IN A MODEL DI-MN(II) PROTEIN
要素L13G-DF1
キーワードDE NOVO PROTEIN / ALPHA-HELICAL BUNDLE / PROTEIN DESIGN / SLIDING HELIX
機能・相同性Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Geremia, S.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2003
タイトル: Sliding helix and change of coordination geometry in a model di-MnII protein
著者: Degrado, W.F. / Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Lombardi, A. / Pavone, V. / Randaccio, L.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Toward the De Novo Design of a Catalytically Active Helix-Bundle: A Substrate-accessible Carboxylate-Bridged Dinuclear Metal Center
著者: Di Costanzo, L. / Wade, H. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F. / Lombardi, A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Inaugural article: Retrostructural Analysis of Metalloproteins: Application to the Design of a Minimal Model for Diiron Proteins
著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F.
履歴
登録2002年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L13G-DF1
B: L13G-DF1
C: L13G-DF1
D: L13G-DF1
E: L13G-DF1
F: L13G-DF1
G: L13G-DF1
H: L13G-DF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,17820
ポリマ－46,5188
非ポリマー65912
水5,224290
1
A: L13G-DF1
B: L13G-DF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8496
ポリマ－11,6302
非ポリマー2204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area6410 Å2
手法PISA
2
C: L13G-DF1
D: L13G-DF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8496
ポリマ－11,6302
非ポリマー2204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area6430 Å2
手法PISA
3
E: L13G-DF1
F: L13G-DF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7394
ポリマ－11,6302
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area6270 Å2
手法PISA
4
G: L13G-DF1
H: L13G-DF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7394
ポリマ－11,6302
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area6340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.225, 89.270, 146.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
L13G-DF1


分子量: 5814.788 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthetized.
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400, MANGANESE ACETATE, BUFFER TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
234 %PEG4001reservoir
30.03 M1reservoirMn(CH3COO)2
40.1 MTris-HCl1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→6.03 Å / Num. all: 38634 / Num. obs: 38634 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5184 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 94932

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AB DIMER FROM THE STRUCTURE 1JM0

1jm0


解像度: 1.91→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24451 1936 5 %RANDOM
Rwork0.20145 ---
obs0.20367 36674 95.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 12 290 3599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.030.023
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.22
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.244 / Rfactor Rwork: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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