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- PDB-5tuh: Archaellum periplasmic stator protein FlaG from Sulfolobus acidoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tuh
タイトルArchaellum periplasmic stator protein FlaG from Sulfolobus acidocaldarius
要素Flagellar biosynthesis protein FlaG
キーワードMOTOR PROTEIN / beta-sandwich fold Archaellum assembly subunit Stator protein Motor Protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellar biosynthesis protein FlaG / Flagellar protein FlaG
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.929 Å
データ登録者Tsai, C.-L. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: The structure of the periplasmic FlaG-FlaF complex and its essential role for archaellar swimming motility.
著者: Tsai, C.L. / Tripp, P. / Sivabalasarma, S. / Zhang, C. / Rodriguez-Franco, M. / Wipfler, R.L. / Chaudhury, P. / Banerjee, A. / Beeby, M. / Whitaker, R.J. / Tainer, J.A. / Albers, S.V.
履歴
登録2016年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthesis protein FlaG
B: Flagellar biosynthesis protein FlaG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9753
ポリマ－29,8832
非ポリマー921
水2,432135
1
A: Flagellar biosynthesis protein FlaG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0342
ポリマ－14,9411
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagellar biosynthesis protein FlaG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9411
ポリマ－14,9411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.023, 100.316, 62.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Flagellar biosynthesis protein FlaG


分子量: 14941.408 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-151 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: ATY89_00610, ATZ20_03655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U2VTR0, UniProt: Q4J9K7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 % / 解説: needle
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 13%PEG3350, 0.2M sodium malonate, pH5, 3% 1,4 dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.0714, 1.0448, 1.0718
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日
放射モノクロメーター: ML crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07141
21.04481
31.07181
反射解像度: 1.929→44.816 Å / Num. obs: 20112 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 27.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.93-1.9770.9762.10.724199.6
9.05-44.826.10.0320.999198.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.929→44.816 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 989 4.92 %
Rwork0.1806 --
obs0.1822 20093 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.929→44.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1634 0 6 135 1775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8152330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.422987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9295-2.03120.2881340.24242685X-RAY DIFFRACTION100
2.0312-2.15850.26271310.20582704X-RAY DIFFRACTION100
2.1585-2.32510.22781400.18822703X-RAY DIFFRACTION100
2.3251-2.55910.23791460.18652675X-RAY DIFFRACTION100
2.5591-2.92930.20131450.19412726X-RAY DIFFRACTION100
2.9293-3.69040.22811410.17812763X-RAY DIFFRACTION100
3.6904-44.82850.18271520.16052848X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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