+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lsq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RIBONUCLEASE A WITH ASN 67 REPLACED BY A BETA-ASPARTYL RESIDUE | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE A | ||||||
![]() | HYDROLASE / PHOSPHORIC DIESTER | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Esposito, L. / Sica, F. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Deamidation in proteins: the crystal structure of bovine pancreatic ribonuclease with an isoaspartyl residue at position 67. 著者: Capasso, S. / Di Donato, A. / Esposito, L. / Sica, F. / Sorrentino, G. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ![]() タイトル: Selective Deamidation of Ribonuclease A 著者: Di Donato, A. / Ciardiello, M.A. / De Nigris, M. / Piccoli, R. / Mazzarella, L. / D'Alessio, G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 45.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5rsaS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13709.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASN 67 IS REPLACED BY A BETA-ASPARTYL RESIDUE / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.7 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: BRUKER NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 17221 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 23907 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 5RSA 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 1 詳細: THE SULFATE IONS IN THE ACTIVE SITES HAVE LOW DENSITY AND HIGH TEMPERATURE FACTORS. OCCUPANCY FACTORS HAVE NOT BEEN REFINED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |