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- PDB-1lql: Crystal structure of OsmC like protein from Mycoplasma pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lql
タイトルCrystal structure of OsmC like protein from Mycoplasma pneumoniae
要素osmotical inducible protein C like family
キーワードUNKNOWN FUNCTION / OsmC / New Fold / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich ...OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydroperoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Choi, I.-G. / Shin, D.H. / Brandsen, J. / Jancarik, J. / Kim, R. / Yokota, H. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a stress inducible protein from Mycoplasma pneumoniae at 2.85 A resolution
著者: Choi, I.-G. / Shin, D.H. / Brandsen, J. / Jancarik, J. / Busso, D. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H.
履歴
登録2002年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: osmotical inducible protein C like family
B: osmotical inducible protein C like family
C: osmotical inducible protein C like family
D: osmotical inducible protein C like family
E: osmotical inducible protein C like family
F: osmotical inducible protein C like family
G: osmotical inducible protein C like family
H: osmotical inducible protein C like family
I: osmotical inducible protein C like family
J: osmotical inducible protein C like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,73910
ポリマ－184,73910
非ポリマー00
水3,945219
1
A: osmotical inducible protein C like family
B: osmotical inducible protein C like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9482
ポリマ－36,9482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
2
C: osmotical inducible protein C like family
D: osmotical inducible protein C like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9482
ポリマ－36,9482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
3
E: osmotical inducible protein C like family
F: osmotical inducible protein C like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9482
ポリマ－36,9482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
4
G: osmotical inducible protein C like family
H: osmotical inducible protein C like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9482
ポリマ－36,9482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
5
I: osmotical inducible protein C like family
J: osmotical inducible protein C like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9482
ポリマ－36,9482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.360, 95.600, 308.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
osmotical inducible protein C like family / OsmC


分子量: 18473.908 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75170
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, sodium iodide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112.9 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.5
31 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1drop
5300 mM1dropNaCl
60.2 Msodium iodide1reservoirpH6.9
720 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→20 Å / Num. obs: 90144 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 62.4 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 6014 / Rmerge(I) obs: 0.391

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 75248.24 / Data cutoff high rms absF: 75248.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 4433 10.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.2252 45795 --
obs0.219 44034 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.6029 Å2 / ksol: 0.2893301 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20 Å2
2--10.87 Å20 Å2
3----11.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11038 0 0 219 11257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 656 10 %
Rwork0.298 5930 -
obs--85.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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