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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v0r | ||||||
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Title | Crystal structure of Alternaria alternata allergen Alt a 1 | ||||||
![]() | Major allergen Alt a 1 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / beta-barrel / cell wall | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chruszcz, M. / Solberg, R. / Osinski, T. / Chapman, M.D. / Minor, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Alternaria alternata allergen Alt a 1: a unique beta-barrel protein dimer found exclusively in fungi. Authors: Chruszcz, M. / Chapman, M.D. / Osinski, T. / Solberg, R. / Demas, M. / Porebski, P.J. / Majorek, K.A. / Pomes, A. / Minor, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 66.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 53.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 460.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 462.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 14605.165 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 26-157 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 169 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/0FU.gif)
![](data/chem/img/8AC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/0FU.gif)
![](data/chem/img/8AC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-UNX / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-8AC / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.76 Å3/Da / Density % sol: 67.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 50% saturated ammonium sulfate, 12.5% of additive mixture (saturated solution of 4-hydroxy-2,5,5-triaminopyrimidine, alpha-lipoic acid, caffeine, 8-aminocaprylic acid, threonine, carnitine ...Details: 50% saturated ammonium sulfate, 12.5% of additive mixture (saturated solution of 4-hydroxy-2,5,5-triaminopyrimidine, alpha-lipoic acid, caffeine, 8-aminocaprylic acid, threonine, carnitine and quinine HCl), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation | Monochromator: diamond laue monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 18157 / Num. obs: 18157 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 59.4 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 878 / Rsym value: 0.777 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.92 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→32.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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