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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lof | |||||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF A BIANTENNARY OCTASACCHARIDE-LECTIN COMPLEX AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Bourne, Y. / Cambillau, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of a biantennary octasaccharide-lectin complex refined at 2.3-A resolution. 著者: Bourne, Y. / Rouge, P. / Cambillau, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ALA A 80 - ASP A 81 OMEGA = 353.52 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ALA C 80 - ASP C 81 OMEGA = 343.01 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
-LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 19847.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 19905.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-LEGUME ISOLECTIN I (BETA ... , 2種, 2分子 BD
#2: タンパク質 | 分子量: 5783.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 5810.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 2種, 2分子
#5: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose![]() |
-非ポリマー , 3種, 234分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | ONE CA++ AND MN++ ION PER MONOMER: CA A 227, MN A 228, CA C 457 AND MN C 458. THERE IS ONE COMPLETE ...ONE CA++ AND MN++ ION PER MONOMER: CA A 227, MN A 228, CA C 457 AND MN C 458. THERE IS ONE COMPLETE OCTASACCHA |
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配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 24277 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 71100 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 22459 / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.46 |