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万見
- PDB-1lo1: ESTROGEN RELATED RECEPTOR 2 DNA BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lo1
タイトルESTROGEN RELATED RECEPTOR 2 DNA BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH DNA
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*G)-3'
  • Steroid hormone receptor ERR2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR/DNA / Estrogen Related Receptor 2 / DNA Binding Domain (DNA結合ドメイン) / hERR2 / Hormone Nuclear Receptor / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell dedifferentiation / regulation of stem cell division / stem cell division / negative regulation of stem cell differentiation / photoreceptor cell maintenance / nuclear steroid receptor activity / stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell population maintenance / RNA polymerase II complex binding / inner ear development ...cell dedifferentiation / regulation of stem cell division / stem cell division / negative regulation of stem cell differentiation / photoreceptor cell maintenance / nuclear steroid receptor activity / stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell population maintenance / RNA polymerase II complex binding / inner ear development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / condensed chromosome / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Oestrogen-related receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Steroid hormone receptor ERR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Gearhart, M.D. / Holmbeck, S.M.A. / Evans, R.M. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Monomeric Complex of Human Orphan Estrogen Related Receptor-2 with DNA: A Pseudo-dimer Interface Mediates Extended Half-site Recognition
著者: Gearhart, M.D. / Holmbeck, S.M.A. / Evans, R.M. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2002年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*C)-3'
A: Steroid hormone receptor ERR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2235
ポリマ－19,0923
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 32structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*G)-3'


分子量: 3976.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*C)-3'


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Steroid hormone receptor ERR2 / ERR-beta / Estrogen receptor-like 2 / estrogen-related receptor / beta


分子量: 11148.113 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN / Mutation: C163A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hERR2 / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O95718
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1312D Filter Edit NOESY
1422D Filter Filter NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM hERR2 U-15N 13C, 0.5 mM DNA Strand 1, 0.5 mM DNA Strand 2, 20 mM K2SO4, 50 M ZnSO4, 2 mM dithiothreitol (DTT), 0.001% NaN3 pH 6.8100% D20
20.5 mM hERR2 U-15N, 0.5 mM DNA Strand 1, 0.5 mM DNA Strand 2, 20 mM K2SO4, 50 M ZnSO4, 2 mM dithiothreitol (DTT), 0.001% NaN3 pH 6.85% D2O, 95% H20
試料状態イオン強度: 20 mM K2SO4 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1F.Delaglio, S.Grzesiek, G.W.Vuister, Z.Guang, J.Pfeifer, A.Bax解析
NMRView4.1.3B.A.Johnson, R.A.Blevinsデータ解析
Amber6D.A.Case, D.A.Pearlman, et.al.精密化
DYANA1.5P.Gntert, C.Mumenthaler, K.Wthrich精密化
Amber6D.A.Case, D.A.Pearlman, J.W.Caldwell, T.E.Cheatham III, W.S.Ross, C.L.Simmerling, T.A.Darden, K.M.Merz, R.V.Stanton, A.L.Cheng, J.J.Vincent, M.Crowley, V.Tsui, R.J.Radmer, Y.Duan, J.Pitera, I.Massova, G.L.Seibel, U.C.Singh, P.K.Weiner, and P.A.Kollman構造決定
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 32 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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