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- PDB-1lm0: Solution structure and characterization of the heme chaperone CcmE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lm0
タイトルSolution structure and characterization of the heme chaperone CcmE
要素cytochrome c maturation protein E
キーワードCHAPERONE / all-beta protein / heme delivery / cytochrome c maturation / OB-(oligonucleotide binding)fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CcmE/CycJ protein / CcmE-like superfamily / CcmE / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c-type biogenesis protein CcmE / Cytochrome c-type biogenesis protein CcmE
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella putrefaciens (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dyanamics, restrained energy minimization
データ登録者Arnesano, F. / Banci, L. / Barker, P.D. / Bertini, I. / Rosato, A. / Su, X.C. / Viezzoli, M.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Solution structure and characterization of the heme chaperone CcmE
著者: Arnesano, F. / Banci, L. / Barker, P.D. / Bertini, I. / Rosato, A. / Su, X.C. / Viezzoli, M.S.
履歴
登録2002年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome c maturation protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7141
ポリマ－14,7141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 400the submitted conformer models are the 35 structures with the lowest target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 cytochrome c maturation protein E


分子量: 14714.397 Da / 分子数: 1 / 断片: water soluble domain of CcmE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (バクテリア)
遺伝子: ccmE / プラスミド: pPB10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold(DE3) / 参照: UniProt: O52690, UniProt: Q8EK44*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY
151HNHA
161HNCO
171HNHB
181CBCANH
191CC(CO)NH
1101CBCA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy on 13C and 15N double labeled apoCcmE.

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試料調製

詳細内容: 2.0 mM apoCcmE, 20 mM phosphate, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM phosphate / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker解析
XEASY1.3Xia, Bartelsデータ解析
DYANA1.5Gunter, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
CORMABorgias, Thomas, Jamesiterative matrix relaxation
Amber5Pearlman, Case, Caldwell, Ross, Cheatham, Ferguson, Seibel, Singh, Weiner, Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dyanamics, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: 1866 meaningful NOEs and 89 dihedral angle constraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: the submitted conformer models are the 35 structures with the lowest target function
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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