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- PDB-1lki: THE CRYSTAL STRUCTURE AND BIOLOGICAL FUNCTION OF LEUKEMIA INHIBIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lki
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE AND BIOLOGICAL FUNCTION OF LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR: IMPLICATIONS FOR RECEPTOR BINDING
要素LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR
キーワードCYTOKINE / FOUR HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast differentiation / leukemia inhibitory factor receptor binding / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of hormone secretion ...spongiotrophoblast differentiation / leukemia inhibitory factor receptor binding / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of hormone secretion / trophoblast giant cell differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / lung vasculature development / positive regulation of macrophage differentiation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of astrocyte differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lung alveolus development / regulation of cell differentiation / decidualization / somatic stem cell population maintenance / blood vessel remodeling / maternal process involved in female pregnancy / neuron development / embryo implantation / lung development / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell morphogenesis / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / gene expression / response to hypoxia / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / immune response / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukemia inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Grey, L.M. / Staunton, D. / Stuart, D.I. / Heath, J.K. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: The crystal structure and biological function of leukemia inhibitory factor: implications for receptor binding.
著者: Robinson, R.C. / Grey, L.M. / Staunton, D. / Vankelecom, H. / Vernallis, A.B. / Moreau, J.F. / Stuart, D.I. / Heath, J.K. / Jones, E.Y.
履歴
登録1994年12月12日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8911
ポリマ－19,8911
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.100, 56.200, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 17 / 2: CIS PROLINE - PRO 51

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要素

#1: タンパク質 LEUKEMIA INHIBITORY FACTOR


分子量: 19891.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P09056
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-15 mg/mlprotein1drop
210 mMMES1drop
340 %PEG80001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射% possible obs: 90 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.186 -
obs0.186 10610
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1336 0 0 50 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.92.9
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.34.3
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.92.9
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.34.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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