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万見
- PDB-1lk9: The Three-dimensional Structure of Alliinase from Garlic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lk9
タイトルThe Three-dimensional Structure of Alliinase from Garlic
要素ALLIIN LYASE
キーワードLYASE / EGF-like domain / PLP type 1 / chloride binding
機能・相同性
機能・相同性情報


alliin lyase / alliin lyase activity / vacuole / amino acid metabolic process / chloride ion binding / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
EGF-like, alliinase / Alliinase, EGF-like domain / Alliinase EGF-like domain / Alliinase, C-terminal / Alliinase, N-terminal domain superfamily / Allinase / : / Laminin / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 ...EGF-like, alliinase / Alliinase, EGF-like domain / Alliinase EGF-like domain / Alliinase, C-terminal / Alliinase, N-terminal domain superfamily / Allinase / : / Laminin / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / EGF-like domain signature 1. / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Ribbon / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-ACRYLIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Alliin lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Allium sativum (ニンニク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Kuettner, E.B. / Hilgenfeld, R. / Weiss, M.S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The active principle of garlic at atomic resolution
著者: Kuettner, E.B. / Hilgenfeld, R. / Weiss, M.S.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2002
タイトル: PURIFICATION, CHARACTERIZATION AND CRYSTALLIZATION OF ALLIINASE FROM GARLIC
著者: KUETTNER, E.B. / HILGENFELD, R. / WEISS, M.S.
#2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2002
タイトル: Erratum to ``Purification, characterization and crystallization of alliinase from garlic. [Arch. Biochem. Biophys. 402, 192-200.]''
著者: Kuettner, E.B. / Hilgenfeld, R. / Weiss, M.S.
履歴
登録2002年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 600heterogen The molecules EPE and DHA are only present at an occupancy of 50%. Their presence is ...heterogen The molecules EPE and DHA are only present at an occupancy of 50%. Their presence is mutually exclusive.
Remark 999sequence there are two different sequences in the literature, one contains an Asp in position 176 ...sequence there are two different sequences in the literature, one contains an Asp in position 176 and one contains Asn. The authors have built and refined the structure with an Asp present in this position.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALLIIN LYASE
B: ALLIIN LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,16724
ポリマ－103,0332
非ポリマー4,13422
水14,952830
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14250 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.45, 101.07, 155.69
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALLIIN LYASE / ALLIINASE / CYSTEINE SULPHOXIDE LYASE


分子量: 51516.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: bulb / 由来: (天然) Allium sativum (ニンニク) / 参照: UniProt: Q01594, alliin lyase

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 848分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#8: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-DHA / 2-AMINO-ACRYLIC ACID / 2,3-DIDEHYDROALANINE / デヒドロアラニン


タイプ: peptide linking / 分子量: 87.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PROTEIN: 5 MG/ML ALLIINASE, 5 MM HEPES PH 7.4, 10 % (V/V) GLYCEROL, 0.25 MM PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE, 1 MM S-ETHYL-L-CYSTEINE; PRECIPITANT: 2.9 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM HEPES PH 7.4 HANGING ...詳細: PROTEIN: 5 MG/ML ALLIINASE, 5 MM HEPES PH 7.4, 10 % (V/V) GLYCEROL, 0.25 MM PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE, 1 MM S-ETHYL-L-CYSTEINE; PRECIPITANT: 2.9 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM HEPES PH 7.4 HANGING DROP METHOD(4 MICROL + 4 MICROL), VAPOUR DIFFUSION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: Kuettner, E.B., (2002) Arch.Biochem.Biophys., 402, 192.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mMHEPES1reservoirpH7.4
210 %(v/v)glycerol1reservoir
320000 mMPLP1reservoir
43 mM1reservoirNaN3
55 mMprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→12 Å / Num. all: 160747 / Num. obs: 160747 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8024 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 928820 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
MLPHARE位相決定
REFMAC4.0.6精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.53→12 Å / SU B: 1.52975 / SU ML: 0.05519 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07531 / ESU R Free: 0.07692 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2207 3264 -RANDOM
Rwork0.1929 ---
all-162892 --
obs-162892 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6862 0 252 830 7944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.05
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.415
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25.920
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9411.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.3642.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.3665
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.60310
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.604 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 406 -
Rwork0.259 --
obs-20789 99.48 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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