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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ljl | ||||||
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タイトル | Wild Type pI258 S. aureus arsenate reductase | ||||||
![]() | arsenate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P-loop | ||||||
機能・相同性 | ![]() arsenate reductase (thioredoxin) / arsenate reductase (thioredoxin) activity / response to arsenic-containing substance / protein tyrosine phosphatase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Messens, J. / Martins, J.C. / Van Belle, K. / Brosens, E. / Desmyter, A. / De Gieter, M. / Wieruszeski, J.M. / Willem, R. / Wyns, L. / Zegers, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: All intermediates of the arsenate reductase mechanism, including an intramolecular dynamic disulfide cascade. 著者: Messens, J. / Martins, J.C. / Van Belle, K. / Brosens, E. / Desmyter, A. / De Gieter, M. / Wieruszeski, J.M. / Willem, R. / Wyns, L. / Zegers, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14831.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: reduced 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: arsc / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-K / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 393K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 7503 / Num. obs: 7503 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique all: 751 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 74.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 96.5 % / Num. measured all: 203478 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.8 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JF8 解像度: 2.01→14.96 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→14.96 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor all: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.254 / Rfactor Rwork: 0.214 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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