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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jf8 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of reduced C10S, C15A arsenate reductase from pI258 | ||||||
![]() | arsenate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PTPase I fold / P-loop / sulfinic acid | ||||||
機能・相同性 | ![]() arsenate reductase (thioredoxin) / arsenate reductase (thioredoxin) activity / response to arsenic-containing substance / protein tyrosine phosphatase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zegers, I. / Martins, J.C. / Willem, R. / Wyns, L. / Messens, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Arsenate reductase from S. aureus plasmid pI258 is a phosphatase drafted for redox duty. 著者: Zegers, I. / Martins, J.C. / Willem, R. / Wyns, L. / Messens, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14783.608 Da / 分子数: 1 / 変異: C10S,C15A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: arsc / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-BCT / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Peg4000, Tris, potassium chloride, sodium arsenite, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→18 Å / Num. all: 44496 / Num. obs: 44496 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.16 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4254 / % possible all: 95.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 299466 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: structure of oxidised pI258 ArsC 解像度: 1.12→18 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.12→1.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 18 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.185 / Rfactor Rfree: 0.218 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.96 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 / % reflection Rfree: 10.4 % |