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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ljj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MONOCLINIC LYSOZYME GROWN IN PRESENCE OF 10% TREHALOSE | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE / Hydration of Proteins | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Saraswathi, N.T. / Sankaranarayanan, R. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme. 著者: Saraswathi, N.T. / Sankaranarayanan, R. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: The Effect of Stabilizing Additives on the Structure and Hydration of Proteins: A Study Involving Tetragonal Lysozyme 著者: Datta, S. / Biswal, B.K. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: An X-Ray Analysis of Native Monoclinic Lysozyme. A Case Study on the Reliability of Refined Protein Structures and a Comparison with the Low-Humidity Form in Relation to Mobility and Enzyme Action 著者: Nagendra, H.G. / Sudarsanakumar, C. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NO3 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.32 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.6 詳細: Sodium Acetate (0.1M) - Buffer, Sodium Nitrate (0.44M) - Precipitant, Trehalose(0.29M) - Additive; pH 4.6, LIQUID DIFFUSION at 293K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 13379 / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 13471 / % possible obs: 95.1 % / Num. measured all: 51393 / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.2 % / Num. unique obs: 1293 / Rmerge(I) obs: 0.157 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 559395.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.7929 Å2 / ksol: 0.350202 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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