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- PDB-1lj7: Crystal structure of calcium-depleted human C-reactive protein fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lj7
タイトルCrystal structure of calcium-depleted human C-reactive protein from perfectly twinned data
要素C-reactive protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / pentraxin fold / pentamer / decamer / twinned
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / vasoconstriction / choline binding / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / vasoconstriction / choline binding / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of superoxide anion generation / acute-phase response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-reactive protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Ramadan, M.A. / Shrive, A.K. / Holden, D. / Myles, D.A. / Volanakis, J.E. / DeLucas, L.J. / Greenhough, T.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The three-dimensional structure of calcium-depleted human C-reactive protein from perfectly twinned crystals.
著者: Ramadan, M.A. / Shrive, A.K. / Holden, D. / Myles, D.A. / Volanakis, J.E. / DeLucas, L.J. / Greenhough, T.J.
履歴
登録2002年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 11 A few small regions of the structure are not well defined due to the twinning and asociated ... A few small regions of the structure are not well defined due to the twinning and asociated disorder. The twinning 2-fold is parallel to the 2-fold ncs operator relating the two pentamers in the assymetric unit. Removal of calcium results in residues in the calcium- binding loop 140-150 becoming disordered and mobile. The loops and parts of loops that are visible are held in place by crystal contacts
Remark 300 Biomolecule: 1,2 This entry contains the crystallographic assymetric unit which consists of 10 ... Biomolecule: 1,2 This entry contains the crystallographic assymetric unit which consists of 10 chain(s). See remark 350 for information on generating the biological molecule(s). It is, however, not clear whether the biomolecule consists of one or two pentameters

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-reactive protein
B: C-reactive protein
C: C-reactive protein
D: C-reactive protein
E: C-reactive protein
F: C-reactive protein
G: C-reactive protein
H: C-reactive protein
I: C-reactive protein
J: C-reactive protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,68010
ポリマ－230,68010
非ポリマー00
水00
1
A: C-reactive protein
B: C-reactive protein
C: C-reactive protein
D: C-reactive protein
E: C-reactive protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3405
ポリマ－115,3405
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: C-reactive protein
G: C-reactive protein
H: C-reactive protein
I: C-reactive protein
J: C-reactive protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3405
ポリマ－115,3405
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.310, 102.310, 309.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
C-reactive protein


分子量: 23068.039 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02741
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
解説: Data in this section (200) refers to the twinned space group P4(1)22
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
詳細: DeLucas, L.J., (1987) J. Mol. Biol., 196, 741.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: CEA / 検出器: FILM / 日付: 1989年1月1日
放射モノクロメーター: Germanium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→72.6 Å / Num. obs: 26903 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.15→3.25 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 55.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
CCP4モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Amended pentamer from PDB ENTRY 1GNH

1gnh


解像度: 3.15→20 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Non-standard refinement, including deconvolution, carried out in P43 (See Ramadan et al). The completeness in P43 is significantly less than in P422 (See experimental details) due to the ...詳細: Non-standard refinement, including deconvolution, carried out in P43 (See Ramadan et al). The completeness in P43 is significantly less than in P422 (See experimental details) due to the deconvolution procedure. Data was merged in P4 (1)22. In experimental details, refer to this space group rather than P43. Refinement carried out in P43
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 2072 5 %Random
Rwork0.186 ---
obs-38645 81.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15996 0 0 0 15996
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.29 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.26 147
Rwork0.231 2645
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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