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万見
- PDB-1ldy: HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE COMPLEXED TO NADH AND CYCLOHEXY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ldy
タイトルHORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE COMPLEXED TO NADH AND CYCLOHEXYL FORMAMIDE (CXF)
要素ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードDEHYDROGENASE / ALCOHOL / NICOTINAMIDE COENZYME / FORMAMIDES
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYLFORMAMIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ramaswamy, S. / Plapp, B.V.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Binding of formamides to liver alcohol dehydrogenase.
著者: Ramaswamy, S. / Scholze, M. / Plapp, B.V.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Flexibility of Liver Alcohol Dehydrogenase in Stereoselective Binding of 3-Butylthiolane 1-Oxides
著者: Cho, H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.P. / Branden, C.I.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 A Resolution
著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Wallen, L. / Branden, C.I. / Akeson, A. / Jones, T.A.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 A Resolution
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A.
履歴
登録1996年12月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,09920
ポリマ－159,4134
非ポリマー3,68616
水18,2311012
1
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,54910
ポリマ－79,7072
非ポリマー1,8438
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
2
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,54910
ポリマ－79,7072
非ポリマー1,8438
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.930, 180.200, 86.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.998981, -0.006279, 0.044696), (0.006694, 0.999936, -0.009129), (-0.044636, 0.009418, 0.998959)-15.54077, 0.29212, -40.15073
2given(0.079823, -0.098401, 0.99194), (-0.116883, -0.989175, -0.088721), (0.989933, -0.108858, -0.09046)-36.15647, 49.33366, -11.10387
3given(0.136862, -0.100503, 0.985479), (-0.108357, -0.990389, -0.085955), (0.984646, -0.09502, -0.146436)4.8495, 43.95399, -1.25633

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要素

#1: タンパク質
ALCOHOL DEHYDROGENASE / ADH


分子量: 39853.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMMERCIAL PREPARATION OF ENZYME FROM HORSE LIVER. CDNA SEQUENCE M64864
由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-CXF / CYCLOHEXYLFORMAMIDE / N-シクロヘキシルホルムアミド


分子量: 127.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
解説: ISOMORPHOUS STRUCTURE WAS USED NUMBER OF TOTAL REFLECTIONS : 122542
結晶化手法: batch dialysis / pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE BATCH DIALYSIS METHOD USING MPD AS THE PRECIPITANT AT PH 7.0, 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL]-2 AMINOETHANESULFONATE, WITH 0.66 MM NADH AND 0.76 ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE BATCH DIALYSIS METHOD USING MPD AS THE PRECIPITANT AT PH 7.0, 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL]-2 AMINOETHANESULFONATE, WITH 0.66 MM NADH AND 0.76 MM 3-BUTYLTHIOLANE 1-OXIDE. VERY CLOSE TO C-CENTERED ORTHORHOMBIC BUT SCALES VERY BADLY AS C222. SO THE SYMMETRY IS ACTUALLY P21, batch dialysis
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlalcohol dehydrogenase11
250 mMammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate12
30.66 mMNADH12
410 mMN-cyclohexylformamide12
525 %MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→12 Å / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 21.86
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.059 / % possible all: 81.8
反射
*PLUS
Num. obs: 46126 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 12.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→12 Å / 交差検証法: UNTIL ANISOTROPIC REFINEMENT / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED THROUGHOUT WITH LARGE NCS RESTRAINTS. WATER WAS ADDED ONLY WHEN FOUND IN ALL FOUR SUBUNITS. THE CYS 174 AND ITS EQUIVALENT LIE IN THE DISALLOWED REGION OF ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED THROUGHOUT WITH LARGE NCS RESTRAINTS. WATER WAS ADDED ONLY WHEN FOUND IN ALL FOUR SUBUNITS. THE CYS 174 AND ITS EQUIVALENT LIE IN THE DISALLOWED REGION OF RAMACHANDRAN PLOT - THIS IS TRUE IN SEVERAL STRUCTURES OF ADH REFINED WITH SEVERAL COMPLEXES AND IS A FEATURE OF THE ENZYME.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.207 ---
obs-46126 89.8 %-
Rfree---RANDOM
原子変位パラメータBiso mean: 27.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.53 Å20 Å2-2.49 Å2
2--10.9 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11140 0 220 1012 12372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.050.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.112
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.673
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.462
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.253
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1490.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2590.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor34.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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