[日本語] English
万見
- PDB-1lcs: RECEPTOR-BINDING DOMAIN FROM SUBGROUP B FELINE LEUKEMIA VIRUS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lcs
タイトルRECEPTOR-BINDING DOMAIN FROM SUBGROUP B FELINE LEUKEMIA VIRUS
要素FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
キーワードVIRAL PROTEIN / antiparallel beta-sandwich glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Glycoprotein Gp70 / ENV polyprotein, receptor-binding domain / F-MuLV receptor-binding / ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / : / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Feline leukemia virus (ネコ白血病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Barnett, A.L. / Wensel, D.L. / Li, W. / Fass, D. / Cunningham, J.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2003
タイトル: Structure and Mechanism of a Coreceptor for Infection by a pathogenic feline retrovirus
著者: Barnett, A.L. / Wensel, D.L. / Li, W. / Fass, D. / Cunningham, J.M.
履歴
登録2002年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
B: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2107
ポリマ－46,8202
非ポリマー2,3895
水3,207178
1
A: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4234
ポリマ－23,4101
非ポリマー1,0133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7863
ポリマ－23,4101
非ポリマー1,3762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子

B: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子

A: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子

A: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,41914
ポリマ－93,6414
非ポリマー4,77910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation8_666x-y+1,-y+1,-z+11
Buried area12690 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area39700 Å2
手法PISA
4
B: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子

A: FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2107
ポリマ－46,8202
非ポリマー2,3895
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area5940 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.400, 93.400, 231.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-588-

HOH

21A-599-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 FELINE LEUKEMIA VIRUS RECEPTOR-BINDING DOMAIN


分子量: 23410.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline leukemia virus (ネコ白血病ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 株: strain B/lambda-B1 / 遺伝子: ENV / プラスミド: PVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 AND HI5 / 参照: GenBank: 323911, UniProt: P11261*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 951.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-2DManpb1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-2-3-4/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG4000, ammonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 Mammonium acetate1reservoir
20.1 Mtrisodium citrate dihydrate1reservoirpH5.6
330 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 21072 / Num. obs: 21010 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Rsym value: 0.192 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 21072 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.192

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AOL

1aol


解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 1494 random
Rwork0.216 --
all-21072 -
obs-21010 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3202 0 159 178 3539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る