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- PDB-4ivz: A Y37F mutant of C.Esp1396I bound to its highest affinity operato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ivz
タイトルA Y37F mutant of C.Esp1396I bound to its highest affinity operator site OM
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')
  • Regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Restriction-modification / helix-turn-helix / transcriptional regulator / DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Martin, R.N.A. / McGeehan, J.E. / Kneale, G.G.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural and Mutagenic Analysis of the RM Controller Protein C.Esp1396I.
著者: Martin, R.N. / McGeehan, J.E. / Kneale, G.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Transcription regulation of restriction-modification system Esp1396I.
著者: Bogdanova, E. / Zakharova, M. / Streeter, S. / Taylor, J. / Heyduk, T. / Kneale, G. / Severinov, K.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Recognition of dual symmetry by the controller protein C.Esp1396I based on the structure of the transcriptional activation complex.
著者: McGeehan, J.E. / Ball, N.J. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Kneale, G.G.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the restriction-modification controller protein C.Esp1396I.
著者: Ball, N. / Streeter, S.D. / Kneale, G.G. / McGeehan, J.E.
#4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the genetic switch that regulates the expression of restriction-modification genes.
著者: McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Ball, N. / Ravelli, R.B. / Kneale, G.G.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein
B: Regulatory protein
C: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')
E: Regulatory protein
F: Regulatory protein
G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3168
ポリマ－61,3168
非ポリマー00
水362
1
A: Regulatory protein
B: Regulatory protein
C: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6584
ポリマ－30,6584
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
2
E: Regulatory protein
F: Regulatory protein
G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6584
ポリマ－30,6584
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.540, 146.700, 47.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Regulatory protein


分子量: 9505.175 Da / 分子数: 4 / 変異: Y37F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterobacter sp. (バクテリア) / 株: RFL1396 / 遺伝子: esp1396IC / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8GGH0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5852.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 19 base OM operator
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5794.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 19 base OM operator complement
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M SPG buffer, 25 % w/v PEG 1500, 10 uM Spermidine , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→146.81 Å / Num. all: 11888 / Num. obs: 11810 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å45.38 Å
Translation3.1 Å45.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.1.26データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UFD

3ufd


解像度: 3.1→34.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.726 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21478 548 4.6 %RANDOM
Rwork0.16987 ---
obs0.17194 11333 98.61 %-
all-11888 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å2-0 Å2-0.27 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 1546 0 2 4030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0164235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7081.6375997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3315301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06624.356101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.38415565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3441516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.087→3.167 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 40 -
Rwork0.151 753 -
obs--86.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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