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万見
- PDB-1lci: FIREFLY LUCIFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lci
タイトルFIREFLY LUCIFERASE
要素LUCIFERASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / PHOTOPROTEIN / LUMINESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / CoA-ligase activity / bioluminescence / peroxisome / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Luciferin 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Photinus pyralis (ホタル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Conti, E. / Franks, N.P. / Brick, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of firefly luciferase throws light on a superfamily of adenylate-forming enzymes.
著者: Conti, E. / Franks, N.P. / Brick, P.
履歴
登録1996年6月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LUCIFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8191
ポリマ－60,8191
非ポリマー00
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.530, 119.530, 94.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 LUCIFERASE


分子量: 60818.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Photinus pyralis (ホタル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08659, firefly luciferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 283 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.8
詳細: 2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG ...詳細: 2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL PH7.8 AT 10 DEGREES CELSIUS IN MICROBATCH UNDER OIL. CRYOPROTECTANT SOLUTION: 8% PEG 8000, 10% GLYCEROL, 12.5% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS-HCL PH7.8, microbatch under oil, temperature 283K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method / 詳細: or 10 degrees centigrade
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein11
2200 mMammonium sulfate11
31 mMEDTA11
41 mMdithiothreitol11
510 %(v/v)glycerol11
6125 %(v/v)ehthylene glycol11
725 mMTris-HCl11
8500-540 mMlithium sulphate12
926 %(w/v)PEG800012
10100 mMTris-HCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.86
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月10日
放射モノクロメーター: Y / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→10 Å / Num. obs: 45322 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 97.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 -5 %
Rwork0.224 --
obs0.224 45041 96.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3967 0 0 365 4332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 -5 %
Rwork0.288 5483 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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