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万見
- PDB-1lc4: Crystal Structure of Tobramycin Bound to the Eubacterial 16S rRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lc4
タイトルCrystal Structure of Tobramycin Bound to the Eubacterial 16S rRNA A Site
要素5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA / Antibiotic-RNA complex / adenine bulges
機能・相同性TOBRAMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Vicens, Q. / Westhof, E.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of a Complex between the Aminoglycoside Tobramycin and an Oligonucleotide Containing the Ribosomal Decoding A Site
著者: Vicens, Q. / Westhof, E.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Paromomycin Docked into the Eubacterial Ribosomal Decoding A Site
著者: Vicens, Q. / Westhof, E.
履歴
登録2002年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月8日Group: Derived calculations
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6464
ポリマ－14,7112
非ポリマー9352
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.900, 32.800, 52.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 7355.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: eubacterial 16S RRNA A SITE
#2: 化合物 ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL / トブラマイシン


分子量: 467.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O9 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: MPD, sodium cacodylate, sodium chloride, potassium chloride, magnesium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3NaCl11
4KCl11
5MgSO411
6MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.75-2 %1drop
20.5-1 %glycerol1drop
32.2-2.3 mMtobramycin1drop
456.25-131.25 mM1dropor KClNaCl
562.5 mMsodium cacodylate1droppH6.4
60.5-1.55 mMRNA1drop
72.5 mM1dropMgSO4
840 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月24日
詳細: double crystal monochromator and toroidal focusing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→10 Å / Num. all: 4899 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 62.8 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.54→2.64 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique all: 479 / Rsym value: 0.133 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 4899 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J7T

1j7t


解像度: 2.54→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1338987.24 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 396 8.5 %random
Rwork0.214 ---
all-4899 --
obs-4644 91.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.7193 Å2 / ksol: 0.284702 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 898 64 76 1038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005567
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.03474
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d9.71789
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75231
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.058 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 53 7.8 %
Rwork0.314 629 -
obs--82.5 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 7.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg9.71789
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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