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- PDB-1l8x: Crystal Structure of Ferrochelatase from the Yeast, Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8x
タイトルCrystal Structure of Ferrochelatase from the Yeast, Saccharomyces cerevisiae, with Cobalt(II) as the Substrate Ion
要素Ferrochelatase
キーワードLYASE / Ferrochelatase / Heme Biosynthesis / protoheme / Ferro-Lyase / Porphyrin Metallation / Cobalt / Mitochondrial inner membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / protoporphyrin ferrochelatase / ferrochelatase activity / Mitochondrial protein degradation / heme biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Ferrochelatase / Ferrochelatase, active site / Ferrochelatase, C-terminal / Ferrochelatase, N-terminal / Ferrochelatase / Ferrochelatase signature. / Rossmann fold - #1400 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferrochelatase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Karlberg, T. / Lecerof, D. / Gora, M. / Silvegren, G. / Labbe-Bois, R. / Hansson, M. / Al-Karadaghi, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Metal Binding to Saccharomyces cerevisiae Ferrochelatase
著者: Karlberg, T. / Lecerof, D. / Gora, M. / Silvegren, G. / Labbe-Bois, R. / Hansson, M. / Al-Karadaghi, S.
履歴
登録2002年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrochelatase
B: Ferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1194
ポリマ－82,0012
非ポリマー1182
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.38, 96.66, 120.70
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ferrochelatase / Protoheme ferro-lyase / Heme synthetase


分子量: 41000.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HEMZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16622, EC: 4.99.1.1
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG2000, 2-propanol, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MTris-HCl1droppH8.0
220 %(w/v)glycerol1drop
31 %(w/v)n-octyl-beta-D-glucopyranoside1drop
40.1 MTris-HCl1reservoirpH7.5
523 %(w/v)PEG20001reservoir
610 %(v/v)2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9678 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月11日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9678 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. all: 22973 / Num. obs: 22973 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 22.9 / Num. unique all: 1710 / % possible all: 60.9
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rmerge(I) obs: 0.174
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.302

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HRK

1hrk


解像度: 2.7→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT USING FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 2297 -RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.237 25273 --
obs0.237 22973 90.9 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5664 0 2 9 5675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7-2.9197X-RAY DIFFRACTION197524.5
2.9-3.1261X-RAY DIFFRACTION261334.6
3.1-3.3288X-RAY DIFFRACTION287940.9
3.3-3.6267X-RAY DIFFRACTION267645.2
3.6-4.1243X-RAY DIFFRACTION243346.6
4.1-4.6205X-RAY DIFFRACTION205546.2
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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