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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l6x | |||||||||
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タイトル | FC FRAGMENT OF RITUXIMAB BOUND TO A MINIMIZED VERSION OF THE B-DOMAIN FROM PROTEIN A CALLED Z34C | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / IgG1 fc / protein A / fc complex / b-domain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Idusogie, E.E. / Presta, L.G. / Santoro-Gazzano, H. / Totpal, K. / Wong, P.Y. / Ultsch, M. / Meng, Y.G. / Mullkerrin, M.G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mapping of the C1q binding site on rituxan, a chimeric antibody with a human IgG1 Fc. 著者: Idusogie, E.E. / Presta, L.G. / Gazzano-Santoro, H. / Totpal, K. / Wong, P.Y. / Ultsch, M. / Meng, Y.G. / Mulkerrin, M.G. #1: ![]() タイトル: Engineered Antibodies with Increased Activity to Recruit Complement 著者: Idusogie, E.E. / Wong, P.Y. / Presta, L.G. / Santoro-Gazzano, H. / Totpal, K. / Ultsch, M. / Mullkerrin, M.G. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure at 2.8A of an FcRn/Heterodimeric Fc Complex: Mechanism of pH-Dependent Binding 著者: Martin, W.L. / West Jr., A.P. / Gan, L. / Bjorkman, P.J. #3: ![]() タイトル: Structural mimicry of a native protein by a minimized binding domain 著者: Starovasnik, M.A. / Braisted, A.C. / Wells, J.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 795.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 799.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fc1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23547.598 Da / 分子数: 1 / 断片: Fc Fragment, Residues 119-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 184747, UniProt: P01857*PLUS |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4190.682 Da / 分子数: 1 / 断片: ENGINEERED PEPTIDE, Residues 6-39 / 由来タイプ: 合成 詳細: Phage optimized sequence from the B-domain of Protein A Staphylococcus aureus. Peptide prepared using N-fluorenyl-methoxycarbonyl chemistry on Wang resin. |
#3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 550MME 0.1M NaOAc pH 5.5, 0.25M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 35573 / Num. obs: 35573 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique all: 1619 / Rsym value: 0.133 / % possible all: 88.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1.95A Fc-Z34C complex collected at Chess. Fc was solved by molecular replacement using 2.8A 1FC1 Deisenhofer 1981 解像度: 1.65→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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