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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l2s | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in complex with a DOCK-predicted non-covalent inhibitor | ||||||
![]() | beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta-lactamase-inhibitor complex / cephalosporinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Powers, R.A. / Morandi, F. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based discovery of a novel, noncovalent inhibitor of AmpC beta-lactamase. 著者: Powers, R.A. / Morandi, F. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). IN SOLUTION, AMPC IS BELIEVED TO BE FUNCTIONAL IN ITS MONOMERIC FORM. | ||||||
Remark 600 | HETEROGEN THE CONFORMATION OF THE LIGAND STC WAS DETERMINED EXPERIMENTALLY. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ke4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 1.7 M potassium phosphate, 1.2 mM inhibitor (STC), pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→20 Å / Num. obs: 56580 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 95.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 208148 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.315 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1KE4 解像度: 1.94→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Electron density for residues 290-292 of chain A was poor, and are not present in the final model.
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→2.03 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.173 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2296 / Rfactor Rwork: 0.1917 |