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- PDB-1l2j: Human Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l2j
タイトルHuman Estrogen Receptor beta Ligand-binding Domain in Complex with (R,R)-5,11-cis-diethyl-5,6,11,12-tetrahydrochrysene-2,8-diol
要素ESTROGEN RECEPTOR BETA
キーワードtranscription receptor / nuclear receptor / transcription factor / estrogen / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ETC / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Shiau, A.K. / Barstad, D. / Radek, J.T. / Meyers, M.J. / Nettles, K.W. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Agard, D.A. / Greene, G.L.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural characterization of a subtype-selective ligand reveals a novel mode of estrogen receptor antagonism.
著者: Shiau, A.K. / Barstad, D. / Radek, J.T. / Meyers, M.J. / Nettles, K.W. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Agard, D.A. / Greene, G.L.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Structure of the Ligand-binding Domain of Oestrogen Receptor Beta in the Presence of a Partial Agonist and a Full Antagonist
著者: Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Thorsell, A.G. / Engstrom, O. / Ljunggren, J. / Gustafsson, J.A. / Carlquist, M.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Estrogen Receptor Subtype-selective Ligands: Asymmetric Synthesis and Biological Evaluation of cis- and trans-5,11-dialkyl-5,6,11,12-tetrahydrochrysenes
著者: Meyers, M.J. / Sun, J. / Carlson, K.E. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A.
履歴
登録2002年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
B: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7834
ポリマ－61,1422
非ポリマー6412
水1629
1
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8922
ポリマ－30,5711
非ポリマー3201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8922
ポリマ－30,5711
非ポリマー3201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子

B: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子

B: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6756
ポリマ－91,7133
非ポリマー9613
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.144, 99.144, 193.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a homodimer which is not observed in the crystal.

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR BETA / ER-BETA / OESTROGEN RECEPTOR BETA


分子量: 30571.119 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain (residues 256-505) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q92731
#2: 化合物 ChemComp-ETC / (R,R)-5,11-CIS-DIETHYL-5,6,11,12-TETRAHYDROCHRYSENE-2,8-DIOL / (5R,11R)-5,11-ジエチル-5,6,11,12-テトラヒドロクリセン-2,8-ジオ-ル


分子量: 320.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.5-1.75 M Ammonium sulfate, 100 mM Sodium Acetate pH 4.8-5.2 294-296 K, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 21-23 ℃ / PH range low: 5.2 / PH range high: 4.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14.8 mg/mlprotein1drop
21.5-1.75 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoirpH4.8-5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月14日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→49.6 Å / Num. all: 14895 / Num. obs: 14895 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1507 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 64540 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.302

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1A52, 1ERE, 1ERR, 3ERD, 3ERT

1a52

1ere

1err

3erd

3ert


解像度: 2.95→49.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was refined against data which had been sharpened with a -55 A**2 correction factor.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 741 5 %Random
Rwork0.259 ---
all-14893 --
obs-14893 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 33.127 Å2 / ksol: 0.333695 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.434 Å25.662 Å20 Å2
2--12.434 Å20 Å2
3----24.867 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 48 9 3459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7931.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.0712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.6722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.1152.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: constrained
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3509 65 4.3 %
Rwork0.3397 1445 -
obs-1510 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.259 / Rfactor Rfree: 0.299 / Rfactor Rwork: 0.259
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.351 / Rfactor Rwork: 0.34 / Rfactor obs: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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