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- PDB-2q6m: Catalytic fragment of Cholix toxin from Vibrio Cholerae in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q6m
タイトルCatalytic fragment of Cholix toxin from Vibrio Cholerae in complex with the PJ34 inhibitor
要素Cholix toxin
キーワードTOXIN / Domain III (C-terminal catalytic domain) / alpha-beta complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P34 / Cholix toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Merrill, A.R. / Jorgensen, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Cholix Toxin, a Novel ADP-ribosylating Factor from Vibrio cholerae.
著者: Jorgensen, R. / Purdy, A.E. / Fieldhouse, R.J. / Kimber, M.S. / Bartlett, D.H. / Merrill, A.R.
履歴
登録2007年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholix toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0553
ポリマ－23,4641
非ポリマー5912
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.085, 64.756, 77.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cholix toxin


分子量: 23464.021 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: TP / 遺伝子: toxA / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q5EK40
#2: 化合物 ChemComp-P34 / N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE / PJ-34


分子量: 295.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG-8000, 0.02 M KH2PO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日
詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, with Pt, glass, Pd lanes
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. all: 56896 / Num. obs: 55688 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 16.964 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4667 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 83.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.65 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.32 / 反射: 21421
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Hg21.5820.2110.3950.0790.643
2Hg19.180.9630.3480.0860.237
3Hg31.1630.1050.8930.2350.24
4Hg37.4270.7090.7130.1280.102
5Hg600.7290.6680.1160.2
6Hg12.1720.2470.4270.0740.027
7Hg17.4930.1660.3720.0940.085
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
6.02-10000.41188
3.78-6.020.41970
2.94-3.780.432633
2.49-2.940.443055
2.2-2.490.342481
1.99-2.20.283271
1.83-1.990.223193
1.7-1.830.173630
Phasing dmFOM : 0.61 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.63 / 反射: 21421 / Reflection acentric: 19049 / Reflection centric: 2372
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.7-39.0680.930.960.861160830330
2.9-4.70.930.940.8732732736537
2.4-2.90.810.820.6941553646509
2.1-2.40.650.660.5331812878303
1.8-2.10.460.470.4158985446452
1.7-1.80.230.230.1837543513241

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.11位相決定
RESOLVE2.11位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→25.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.251 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 2821 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.151 55619 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→25.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1578 0 44 356 1978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0211666
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8091.9682278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9283.0043356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.995205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.43124.12580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24215250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8331511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.21513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0970.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5131.51296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1051.5418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.00121637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0143786
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9394.5638
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.49333794
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.5293356
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.86833084
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 167 -
Rwork0.24 3034 -
obs-3201 77.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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