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万見
- PDB-1l0c: Investigation of the Roles of Catalytic Residues in Serotonin N-A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l0c
タイトルInvestigation of the Roles of Catalytic Residues in Serotonin N-Acetyltransferase
要素Serotonin N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Enzyme-inhibitor complex / bisubstrate analog / alternate conformations
機能・相同性
機能・相同性情報


melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase activity / aralkylamine N-acetyltransferase / N-terminal protein amino acid acetylation / response to light stimulus / cellular response to cAMP / circadian rhythm / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COA-S-ACETYL TRYPTAMINE / Serotonin N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Scheibner, K.A. / De Angelis, J. / Burley, S.K. / Cole, P.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Investigation of the roles of catalytic residues in serotonin N-acetyltransferase.
著者: Scheibner, K.A. / De Angelis, J. / Burley, S.K. / Cole, P.A.
履歴
登録2002年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月24日Group: Atomic model
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serotonin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0632
ポリマ－23,0961
非ポリマー9681
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.210, 68.681, 89.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Serotonin N-acetyltransferase / ARALKYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE / AA-NAT / SEROTONIN ACETYLASE


分子量: 23095.568 Da / 分子数: 1 / 変異: Y168F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: AANAT / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q29495, aralkylamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COT / COA-S-ACETYL TRYPTAMINE


分子量: 967.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H48N9O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 2000, MPD, MES pH 6.5, ammonium acetate, magnesium acetate, lithium chloride, spermidine, DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: Wolf, E., (2002) J. Mol. Biol., 317, 215., used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMMES1reservoirpH6.5
230 %(w/v)PEG20001reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir
40.1 Mmagnesium acetate1reservoir
52.0 %(v/v)MPD1reservoir
630 mMdithiothreitol1reservoir
720 mMspermidine1reservoir
80.1 M1reservoirLiCl
97 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 7822 / Num. obs: 7188 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 14.1 / Num. unique all: 497 / Rsym value: 0.092 / % possible all: 93
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 75910 / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.092

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KUV

1kuv


解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: STRUCTURE WAS REFINED WITH WATERS AND LIGAND WAS MODELED BASED ON DIFFERENCE FOURIER ELECTRON DENSITY. LIGAND WAS INCLUDED IN FINAL REFINEMENT.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2464 740 RANDOM
Rwork0.1927 --
all0.1877 7485 -
obs0.1877 6912 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.48 Å20 Å20 Å2
2---11.297 Å20 Å2
3---3.818 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 63 90 1464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.1877 / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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