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- PDB-1kzz: DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION SITE ON TRAF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kzz
タイトルDOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION SITE ON TRAF3
要素
  • TNF receptor associated factor 3
  • TRAF family member-associated NF-kappa-b activator
キーワードSIGNALING PROTEIN / CD40 / NF-kB signaling / TANK / TNF receptor / TRAF3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interferon-beta production / positive regulation of protein deubiquitination / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus ...regulation of interferon-beta production / positive regulation of protein deubiquitination / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus / regulation of proteolysis / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / deubiquitinase activator activity / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated IRF7 activation / toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / toll-like receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / molecular function inhibitor activity / positive regulation of type I interferon production / protein K63-linked ubiquitination / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin ligase complex / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / regulation of cytokine production / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / cellular response to ionizing radiation / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic side of plasma membrane / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / Ovarian tumor domain proteases / cellular response to tumor necrosis factor / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / molecular adaptor activity / endosome membrane / endosome / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRAF family member-associated NF-kappa-B activator / Tbk1/Ikki binding domain / TBD domain / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / TRAF-type zinc finger ...TRAF family member-associated NF-kappa-B activator / Tbk1/Ikki binding domain / TBD domain / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 3 / TRAF family member-associated NF-kappa-B activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Li, C. / Ni, C.-Z. / Havert, M.L. / Cabezas, E. / He, J. / Kaiser, D. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. / Cheng, G. / Ely, K.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Downstream regulator TANK binds to the CD40 recognition site on TRAF3.
著者: Li, C. / Ni, C.Z. / Havert, M.L. / Cabezas, E. / He, J. / Kaiser, D. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. / Cheng, G. / Ely, K.R.
履歴
登録2002年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor associated factor 3
B: TRAF family member-associated NF-kappa-b activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0292
ポリマ－23,0292
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
2
A: TNF receptor associated factor 3
B: TRAF family member-associated NF-kappa-b activator

A: TNF receptor associated factor 3
B: TRAF family member-associated NF-kappa-b activator

A: TNF receptor associated factor 3
B: TRAF family member-associated NF-kappa-b activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0866
ポリマ－69,0866
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area10550 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area30070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.5, 82.5, 77.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor associated factor 3 / TRAF3 / CD40 receptor associated factor 1 / CRAF1 / CD40 binding protein / CD40BP


分子量: 21833.135 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 377-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13114
#2: タンパク質・ペプチド TRAF family member-associated NF-kappa-b activator / TANK / TRAF-interacting protein / I-TRAF


分子量: 1195.386 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 177-187 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92844

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 100mM MES, 15% PEG1000, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
詳細: unpublished data

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月6日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 4457 / Num. obs: 4111 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 %
反射 シェル解像度: 3.5→3.61 Å / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. obs: 4458 / % possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 22731 / Rmerge(I) obs: 0.079

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.307 214 RANDOM
Rwork0.225 --
all-4111 -
obs-4073 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1613 0 0 0 1613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.54
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.307 / Rfactor Rwork: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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