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- PDB-1kzl: Riboflavin Synthase from S.pombe bound to Carboxyethyllumazine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kzl
タイトルRiboflavin Synthase from S.pombe bound to Carboxyethyllumazine
要素Riboflavin Synthase
キーワードTRANSFERASE / biosynthesis of riboflavin / riboflavin synthase / Schizosaccharomyces pombe / ligand binding
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin synthase / riboflavin synthase activity / riboflavin biosynthetic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine-binding protein / Lumazine-binding domain / Lumazine binding domain / Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CRM / : / Riboflavin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Schott, A.K. / Kairies, N. / Cushman, M. / Illarionov, B. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Huber, R. / Steinbacher, S. / Fischer, M.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2002
タイトル: Studies on the Reaction Mechanism of Riboflavin Synthase; X-Ray Crystal Structure of a Complex with 6-Carboxyethyl-7-Oxo-8-Ribityllumazine
著者: Gerhardt, S. / Schott, A.K. / Kairies, N. / Cushman, M. / Illarionov, B. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Huber, R. / Steinbacher, S. / Fischer, M.
履歴
登録2002年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8604
ポリマ－22,8871
非ポリマー9733
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.485, 70.485, 92.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細In contrast to the homotrimeric solution state of native riboflavin synthase from S. pombe. But this structure is monomeric in its crystal structure.

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin Synthase / riboflavin synthase alpha chain


分子量: 22887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: pNCO113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7P0, riboflavin synthase
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CRM / 3-[8-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-2,4,7-TRIOXO-1,3,8-TRIHYDROPTERIDIN-6-YL]PROPANOIC ACID / CARBOXYETHYLLUMAZINE / 6-カルボキシエチル-7-オキソ-8-リビチルルマジン


分子量: 386.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: bicine, 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MBicine1reservoirpH9.0
265 %(v/v)MPD1reservoir
39 mg/mlenzyme1drop
420 mMTris-HCl1droppH7.0
5100 mM1dropKCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.010, 1.000, 0.9499
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月14日
放射モノクロメーター: NULL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.011
211
30.94991
反射解像度: 2.1→19.881 Å / Num. all: 15304 / Num. obs: 15097 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 28494 / % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.265

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.881 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2205 1530 RANDOM
Rwork0.1852 --
all0.189 15304 -
obs0.189 15097 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1557 0 55 121 1733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005931
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23943
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.88 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.189 / Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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