[日本語] English
万見
- PDB-1kyo: YEAST CYTOCHROME BC1 COMPLEX WITH BOUND SUBSTRATE CYTOCHROME C -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kyo
タイトルYEAST CYTOCHROME BC1 COMPLEX WITH BOUND SUBSTRATE CYTOCHROME C
要素
  • (UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ...) x 6
  • CYTOCHROME B
  • CYTOCHROME C, ISO-1
  • CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
  • HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
  • LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
  • UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / multisubunit membrane protein complex / enzyme substrate complex / electron transfer complex / antibody Fv fragment mediated crystallization / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly ...Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / cardiolipin binding / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c, class IA/ IB / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome c / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / STIGMATELLIN A / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / STIGMATELLIN A / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Lange, C. / Hunte, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the yeast cytochrome bc1 complex with its bound substrate cytochrome c.
著者: Lange, C. / Hunte, C.
履歴
登録2002年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE Residue 270 (chains C and N) is in conflict in swissprot entry P00163 as being either ASP or VAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
B: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
E: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
F: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 17 KD PROTEIN
G: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KD PROTEIN
H: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
I: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.3 KD PROTEIN
J: HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
K: LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
L: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
M: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
N: CYTOCHROME B
O: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
P: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
Q: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 17 KD PROTEIN
R: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KD PROTEIN
S: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
T: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.3 KD PROTEIN
U: HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
V: LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
W: CYTOCHROME C, ISO-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,21534
ポリマ－501,50423
非ポリマー5,71011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.224, 165.531, 195.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ... , 6種, 12分子 ALBMFQGRHSIT

#1: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I


分子量: 47358.168 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-457 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 17-368 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07257, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 17 KD PROTEIN / MITOCHONDRIAL HINGE PROTEIN / COMPLEX III POLYPEPTIDE VI


分子量: 8870.749 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 74-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00127, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KD PROTEIN / COMPLEX III SUBUNIT VII


分子量: 14452.557 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-127 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00128, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 11 KDA PROTEIN / COMPLEX III SUBUNIT VIII


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-94 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08525, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.3 KD PROTEIN / COMPLEX III POLYPEPTIDE IX


分子量: 6507.470 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-57 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 4種, 7分子 CNDOEPW

#3: タンパク質 CYTOCHROME B


分子量: 43674.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00163
#4: タンパク質 CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN


分子量: 27807.395 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 62-309 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07143
#5: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 31-215 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase
#12: タンパク質 CYTOCHROME C, ISO-1


分子量: 12115.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00044

-
抗体 , 2種, 4分子 JUKV

#10: 抗体 HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT


分子量: 14365.817 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83
#11: 抗体 LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT


分子量: 11926.350 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83

-
非ポリマー , 3種, 11分子

#13: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#14: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, 20 mM Tris, 0.05 % Undecyl-maltopyranoside, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→29.64 Å / Num. all: 187312 / Num. obs: 175444 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / Limit h max: 48 / Limit h min: -49 / Limit k max: 56 / Limit k min: -49 / Limit l max: 66 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 81215.36 / Observed criterion F min: 0.32 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.97→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 14711 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 76.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.97 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EZV

1ezv


解像度: 2.97→29.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 17442 9.9 %random
Rwork0.229 ---
all-187312 --
obs-175444 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.228013 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.05 Å2 / Biso mean: 59.66 Å2 / Biso min: 0.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.53 Å20 Å24.85 Å2
2---6.64 Å20 Å2
3----6.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.84 Å0.97 Å
Luzzati d res high-2.97
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35264 0 383 0 35647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.25
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.97-3.10.39319838.50.393176250.009233571960883.9
3.1-3.270.34420358.70.345184150.008233752045087.5
3.27-3.470.28620158.60.288192910.006232982130691.4
3.47-3.740.2321999.40.232198230.005233722202294.2
3.74-4.120.19721829.30.197204510.004234172263396.7
4.12-4.710.1832347100.18206130.004234322296098
4.71-5.930.1862340100.189207610.004234772310198.4
5.93-29.640.20723419.90.205210230.004237022336498.6
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.3 % / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.267
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.393 / % reflection Rfree: 8.5 % / Rfactor Rwork: 0.393

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る