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- PDB-1ku7: Crystal Structure of Thermus aquatics RNA Polymerase SigmaA Subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ku7
タイトルCrystal Structure of Thermus aquatics RNA Polymerase SigmaA Subunit Region 4 Bound to-35 Element DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*G)-3'
  • sigma factor sigA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / helix-turn-helix / double-helix / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Campbell, E.A. / Muzzin, O. / Chlenov, M. / Sun, J.L. / Olson, C.A. / Weinman, O. / Trester-Zedlitz, M.L. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Structure of the bacterial RNA polymerase promoter specificity sigma subunit.
著者: Campbell, E.A. / Muzzin, O. / Chlenov, M. / Sun, J.L. / Olson, C.A. / Weinman, O. / Trester-Zedlitz, M.L. / Darst, S.A.
履歴
登録2002年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*G)-3'
A: sigma factor sigA
D: sigma factor sigA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1414
ポリマ－24,1414
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.180, 62.650, 94.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 3342.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: -35 Element DNA
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*G)-3'


分子量: 3324.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 sigma factor sigA


分子量: 8737.127 Da / 分子数: 2 / Fragment: region 4 (residues 366-438) / Mutation: L386M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EZJ8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MES, PEG 4000, magnesium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2PEG 400011
3magnesium acetate11
結晶化
*PLUS
温度: 22.5 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
20.1 MMES1reservoirpH6.0
32.4 Mammonium sulfate1reservoir
420 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月9日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 8898 / Num. obs: 8698 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 %
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 79.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 7801 / Num. measured all: 29108 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→25 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 484 -
Rwork0.255 --
all0.255 8898 -
obs0.255 8698 97.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1136 442 0 67 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00696
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00696
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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