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万見
- PDB-1ktp: Crystal structure of c-phycocyanin of synechococcus vulcanus at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ktp
タイトルCrystal structure of c-phycocyanin of synechococcus vulcanus at 1.6 angstroms
要素
  • C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
  • C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CYANOBACTERIA / PHOTOSYSTEM II / LIGHT HARVESTING PROTEINS / THERMOSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Adir, N. / Dobrovetsky, E. / Lerner, N.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2002
タイトル: Refined structure of c-phycocyanin from the cyanobacterium Synechococcus vulcanus at 1.6 A: insights into the role of solvent molecules in thermal stability and co-factor structure
著者: Adir, N. / Vainer, R. / Lerner, N.
履歴
登録2002年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年3月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4535
ポリマ－35,6872
非ポリマー1,7663
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
2
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,72030
ポリマ－214,12412
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z1
Buried area60680 Å2
ΔGint-528 kcal/mol
Surface area66260 Å2
手法PISA
3
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,36015
ポリマ－107,0626
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area24370 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area39100 Å2
手法PISA
4
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,90710
ポリマ－71,3754
非ポリマー3,5326
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area16170 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area26140 Å2
手法PISA
5
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子

B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子

A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,90710
ポリマ－71,3754
非ポリマー3,5326
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z1
Buried area11000 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area31310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.346, 186.346, 59.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT


分子量: 17470.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P50033
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% PEG4000, 50MM HEPES, 5MG/ML PROTEIN, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8 / 詳細: Adir, N., (2001) J. Mol. Biol., 313, 71.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 %PEG40001drop
250 mMTris1drop
32.5-5 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.928
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 47823 / Num. obs: 47798 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 51656 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.6 % / Num. measured all: 419135 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I7Y

1i7y


解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3977 7.7 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 39609 76.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2500 0 129 377 3006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.16
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3161 263 10.8 %
Rwork0.28 2188 -
obs--47.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 35632 / % reflection Rfree: 7.7 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3195 / % reflection Rfree: 10.8 % / Rfactor Rwork: 0.28 / Num. reflection obs: 3977 / Rfactor obs: 0.302

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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