PDB-1kqe: Solution structure of a linked shortened gramicidin A in benzene/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kqe

タイトル

Solution structure of a linked shortened gramicidin A in benzene/acetone 10:1

要素

(MINI-GRAMICIDIN A) x 2

キーワード

ANTIBIOTIC / GRAMICIDIN / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / MEMBRANE ION CHANNEL / LINEAR GRAMICIDIN / METAL TRANSPORT

機能・相同性

MINI-GRAMICIDIN A DIMER

機能・相同性情報

生物種

Brevibacillus brevis (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Arndt, H.D. / Bockelmann, D. / Knoll, A. / Lamberth, S. / Griesinger, C. / Koert, U.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2002
タイトル: Cation Control in Functional Helical Programming: Structures of a D,L-Peptide Ion Channel
著者: Arndt, H.D. / Bockelmann, D. / Knoll, A. / Lamberth, S. / Griesinger, C. / Koert, U.

履歴

登録	2002年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月14日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年7月27日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.4	2011年8月10日	Group: Advisory
改定 1.5	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.6	2013年3月6日	Group: Structure summary
改定 1.7	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.8	2013年4月10日	Group: Derived calculations
改定 1.9	2018年7月18日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features / Item: _pdbx_molecule_features.details
改定 2.0	2023年6月14日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kqe.cif.gz	28.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kqe.ent.gz	22.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kqe_validation.pdf.gz	340.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kqe_full_validation.pdf.gz	344.8 KB	表示
XML形式データ	1kqe_validation.xml.gz	3.5 KB	表示
CIF形式データ	1kqe_validation.cif.gz	4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/1kqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/1kqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1al4 1alx 1alz 1av2 1bdw 1c4d 1gmk 1grm 1jno 1jo3 1jo4 1mag 1mic 1ng8 1nrm 1nru 1nt5 1nt6 1tk2 1tkq 1w5u 2izq 2xdc 3l8l
類似構造データ	1coi-d 3hey-d 2me1-d 2lq2-d 6gld-d 2me3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MINI-GRAMICIDIN A

B: MINI-GRAMICIDIN A

D: MINI-GRAMICIDIN A

E: MINI-GRAMICIDIN A

6.26 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 200
代表モデル		closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	MINI-GRAMICIDIN A タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1613.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: GRAMICIDIN A RESIDUES 5-16, THE N-TERMINI OF THE TWO IDENTICAL PEPTIDES, EACH A TRUNCATED GRAMICIDIN A WERE LINKED BY A SUCCINIC ACID IN A HEAD-TO-HEAD MANNER. 由来: (合成) Brevibacillus brevis (バクテリア) / 参照: MINI-GRAMICIDIN A DIMER
#2: タンパク質・ペプチド	MINI-GRAMICIDIN A タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1513.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: GRAMICIDIN A RESIDUES 5-16, THE N-TERMINI OF THE TWO IDENTICAL PEPTIDES, EACH A TRUNCATED GRAMICIDIN A WERE LINKED BY A SUCCINIC ACID IN A HEAD-TO-HEAD MANNER. 由来: (合成) Brevibacillus brevis (バクテリア) / 参照: MINI-GRAMICIDIN A DIMER
構成要素の詳細	GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ARE OBTAINED FROM BACILLUS BREVIS AND CALLED COLLECTIVELY GRAMICIDIN D HERE, A MODIFIDED GRAMICIDIN A IS REPRESENTED BY TWO SEQUENCES (SEQRES) AND ONE HET (SIN)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE CALCULATED FROM THE SIXTEEN ENERGETICALLY FAVOURED STRUCTURES OUT OF THE TOTAL 200 CALCULATED STRUCTURES

-
試料調製

試料状態	温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Felix2000	データ収集
X-PLOR	精密化
FELIX2000	データ削減

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)