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万見
- PDB-1kqd: Structure of Nitroreductase from E. cloacae Bound with 2e-Reduced... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kqd
タイトルStructure of Nitroreductase from E. cloacae Bound with 2e-Reduced Flavin Mononucleotide (FMN)
要素OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitroreductase / reduced hydroquinone / flavin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素 / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / : / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Haynes, C.A. / Koder, R.L. / Miller, A.F. / Rodgers, D.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structures of nitroreductase in three states: effects of inhibitor binding and reduction.
著者: Haynes, C.A. / Koder, R.L. / Miller, A.F. / Rodgers, D.W.
履歴
登録2002年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
B: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
C: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
D: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7548
ポリマ－95,9294
非ポリマー1,8254
水7,873437
1
A: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
B: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8774
ポリマ－47,9642
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
2
C: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
D: OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8774
ポリマ－47,9642
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.830, 79.980, 97.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimer. Chains A and B represent one dimer, chains C and D represent the other dimer; both dimers are in the asymmetric unit. We are depositing all four monomers.

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要素

#1: タンパク質
OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE


分子量: 23982.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
プラスミド: pET24d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01234, EC: 1.6.6.-
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: homopipes, acetate, PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14.75 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.
350 mM1dropKCl
4100 mg/mlhomopipes1reservoirpH4.8
525 mMacetate1reservoir
615 %PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月25日 / 詳細: graded multi-layer
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 63677 / Num. obs: 62505 / % possible obs: 0.982 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / % possible all: 0.889
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 6321 10.11 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.195 63677 --
obs0.195 62505 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6708 0 124 437 7269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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