+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kk7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SCALLOP MYOSIN IN THE NEAR RIGOR CONFORMATION | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / Near rigor / Myosin / Mechanics of MOTOR / nucleotide free | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor regulator activity / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / locomotion / sarcomere organization / microfilament motor activity ...cytoskeletal motor regulator activity / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / locomotion / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / myosin heavy chain binding / mitotic cytokinesis / muscle contraction / post-embryonic development / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Argopecten irradians (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Himmel, D.M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Crystallographic findings on the internally uncoupled and near-rigor states of myosin: further insights into the mechanics of the motor. 著者: Himmel, D.M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: THREE CONFORMATIONAL STATES OF SCALLOP S1 著者: HOUDUSSE, A. / SZENT-GYORGYI, A.G. / COHEN, C. #2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: ATOMIC STRUCTURE OFSCALLOP MYOSIN SUBFRAGMENT S1 COMPLEXED WITH MGADP: A NOVEL CONFORMATION OF THE MYOSIN HEAD. 著者: HOUDUSSE, A. / KALABOKIS, V.N. / HIMMEL, D. / SZENT-GYORGYI, A.G. / COHEN, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kk7.cif.gz | 224 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1kk7.ent.gz | 171.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kk7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kk7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 AYZ
#1: タンパク質 | 分子量: 95543.750 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P24733 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 17560.855 Da / 分子数: 1 / 断片: REGULATORY LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P13543 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17635.635 Da / 分子数: 1 / 断片: ESSENTIAL LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P07291 |
-非ポリマー , 4種, 14分子
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: PEG 5000, ammonium sulphate, MgCl2, gycerol, cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4.0 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: Rh coated with Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 22975 / Num. obs: 20489 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 61.3 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1482 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 65.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 20298 / Rmerge(I) obs: 0.109 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65.8 % / Rmerge(I) obs: 0.335 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DFK 解像度: 3.2→48.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2184630.18 / Data cutoff high rms absF: 2184630.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 161.96 Å2 / ksol: 0.312598 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.72 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.263 / Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor Rwork: 0.271 |