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- PDB-1kk7: SCALLOP MYOSIN IN THE NEAR RIGOR CONFORMATION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kk7
タイトルSCALLOP MYOSIN IN THE NEAR RIGOR CONFORMATION
要素
  • MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN, STRIATED ADDUCTOR MUSCLE
  • MYOSIN HEAVY CHAIN, STRIATED MUSCLE
  • MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN, STRIATED ADDUCTOR MUSCLE
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Near rigor / Myosin / Mechanics of MOTOR / nucleotide free
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / Kinesin motor domain / Kinesin / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain ...Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / Kinesin motor domain / Kinesin / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Argopecten irradians (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Himmel, D.M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystallographic findings on the internally uncoupled and near-rigor states of myosin: further insights into the mechanics of the motor.
著者: Himmel, D.M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: THREE CONFORMATIONAL STATES OF SCALLOP S1
著者: HOUDUSSE, A. / SZENT-GYORGYI, A.G. / COHEN, C.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: ATOMIC STRUCTURE OFSCALLOP MYOSIN SUBFRAGMENT S1 COMPLEXED WITH MGADP: A NOVEL CONFORMATION OF THE MYOSIN HEAD.
著者: HOUDUSSE, A. / KALABOKIS, V.N. / HIMMEL, D. / SZENT-GYORGYI, A.G. / COHEN, C.
履歴
登録2001年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN HEAVY CHAIN, STRIATED MUSCLE
Y: MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN, STRIATED ADDUCTOR MUSCLE
Z: MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN, STRIATED ADDUCTOR MUSCLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9257
ポリマ－130,7403
非ポリマー1854
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area52960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.849, 51.227, 84.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 AYZ

#1: タンパク質 MYOSIN HEAVY CHAIN, STRIATED MUSCLE / SCALLOP MYOSIN S1


分子量: 95543.750 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P24733
#2: タンパク質 MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN, STRIATED ADDUCTOR MUSCLE / R-LC


分子量: 17560.855 Da / 分子数: 1 / 断片: REGULATORY LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P13543
#3: タンパク質 MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN, STRIATED ADDUCTOR MUSCLE / E-LC


分子量: 17635.635 Da / 分子数: 1 / 断片: ESSENTIAL LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P07291

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非ポリマー , 4種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG 5000, ammonium sulphate, MgCl2, gycerol, cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4.0 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
135 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.3
350.0 mMammonium sulfate1reservoir
42.0 mM1reservoirMgCl2
58 %glycerol1reservoir
610 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月27日
放射モノクロメーター: Rh coated with Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 22975 / Num. obs: 20489 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 61.3 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1482 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 65.8
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 20298 / Rmerge(I) obs: 0.109
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.8 % / Rmerge(I) obs: 0.335

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DFK

1dfk


解像度: 3.2→48.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2184630.18 / Data cutoff high rms absF: 2184630.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 1401 7.3 %RANDOM
Rwork0.259 ---
all0.263 20489 --
obs0.263 19088 84.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 161.96 Å2 / ksol: 0.312598 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.41 Å20 Å2-2.87 Å2
2---23.4 Å20 Å2
3---37.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8129 0 8 10 8147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 157 7.1 %
Rwork0.271 2064 -
obs-2821 64.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.263 / Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.258
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor Rwork: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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