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- PDB-1khr: Crystal Structure of Vat(D) in Complex with Virginiamycin and Coe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1khr
タイトルCrystal Structure of Vat(D) in Complex with Virginiamycin and Coenzyme A
要素STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
キーワードtransferase/antibiotic / Antibiotic resistance / Acyltransferase / transferase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / VIRGINIAMYCIN M1 / Streptogramin A acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sugantino, M. / Roderick, S.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of Vat(D): an acetyltransferase that inactivates streptogramin group A antibiotics.
著者: Sugantino, M. / Roderick, S.L.
履歴
登録2001年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
B: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
C: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
D: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
E: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
F: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,23415
ポリマ－142,0526
非ポリマー6,1829
水2,018112
1
A: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
B: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
C: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3808
ポリマ－71,0263
非ポリマー3,3545
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13700 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
2
D: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
E: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
F: STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8547
ポリマ－71,0263
非ポリマー2,8284
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area24980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.100, 185.900, 186.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
詳細The biological unit is a trimer. Chains A, B and C form one trimer. Chains D, E and F form one trimer.

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要素

#1: タンパク質
STREPTOGRAMIN A ACETYLTRANSFERASE


分子量: 23675.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: satA / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-VIR / VIRGINIAMYCIN M1


分子量: 525.593 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C28H35N3O7 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 400, ethanol, sodium citrate, tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125-35 %PEG4001reservoir
25-8 %ethanol1reservoir
30.2 MTris-HCl1reservoirpH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年10月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→99 Å / Num. all: 37772 / Num. obs: 37772 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / % possible all: 91.9
反射
*PLUS
冗長度: 3.6 % / Num. measured all: 135079
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 91.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-GENデータ削減
XDSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1863 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.189 36450 --
obs0.189 36450 91.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.26 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9678 0 402 112 10192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.891.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.872
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 266 4.8 %
Rwork0.248 5329 -
obs--85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2COA.PARTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3VIR.PARCOA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4VIR.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.75
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.891.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.872
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.072.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.321 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.248 / Rfactor obs: 0.248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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