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- PDB-1khd: Crystal Structure Analysis of the anthranilate phosphoribosyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1khd
タイトルCrystal Structure Analysis of the anthranilate phosphoribosyltransferase from Erwinia carotovora at 1.9 resolution (current name, Pectobacterium carotovorum)
要素Anthranilate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / type 3 prt fold / nucleotide binding fold
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain ...Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anthranilate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Kim, C. / Xuong, N.-H. / Edwards, S. / Madhusudan / Yee, M.-C. / Spraggon, G. / Mills, S.E.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of Anthranilate Phosphoribosyltransferase from the Enterobacterium Pectobacterium carotovorum
著者: Kim, C. / Xuong, N.-H. / Edwards, S. / Madhusudan / Yee, M.-C. / Spraggon, G. / Mills, S.E.
履歴
登録2001年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase
C: Anthranilate phosphoribosyltransferase
D: Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,2284
ポリマ－148,2284
非ポリマー00
水16,159897
1
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase
D: Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1142
ポリマ－74,1142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
2
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase
C: Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1142
ポリマ－74,1142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.870, 82.342, 200.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量: 37057.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
遺伝子: trpD / プラスミド: pUC13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JMB9 r-m+.trpLDl02 leu-Thi-
参照: UniProt: Q8VP84, anthranilate phosphoribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3000, MnCl2, glutamine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMHEPES1droppH6.5
210 %glycerol1drop
31 mMdithiothreitol1drop
41 mMEDTA1drop
520 mg/mlprotein1drop
625 %PEG30001reservoir
70.2 MHEPES1reservoirpH6.5
84.5 mMglutamine1reservoir
910.0 mM1reservoirMnCl2
101.25 mMPRPP1reservoir
110.0012 mManthranilate1reservoir
121 mMdithiothreitol1reservoir
131 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年6月27日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. all: 107405 / Num. obs: 99609 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 38.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.86 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 92 % / 冗長度: 25 % / Num. measured all: 107405 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.372

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KGZ

1kgz


解像度: 1.86→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2614 4800 RANDOM
Rwork0.223 --
all-94966 -
obs-94966 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9732 0 0 897 10629
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.86 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.2633 / Rfactor Rwork: 0.2211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0057
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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