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万見
- PDB-1o17: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE (TRPD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o17
タイトルANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE (TRPD)
要素ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / nucleoside-phosphorylases
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / L-tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain ...Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anthranilate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Mayans, O. / Ivens, A. / Kirschner, K. / Wilmanns, M.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Structural analysis of two enzymes catalysing reverse metabolic reactions implies common ancestry
著者: Mayans, O. / Ivens, A. / Nissen, L. / Kirschner, K. / Wilmanns, M.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Purification, characterization and crystallization of thermostable anthranilate phosphoribosyltransferase from Sulfolobus solfataricus
著者: Ivens, A. / Mayans, O. / Szadkowski, H. / Wilmanns, M. / Kirschner, K.
履歴
登録2002年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年11月1日ID: 1K8E
改定 1.02002年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
C: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
D: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4784
ポリマ－150,4784
非ポリマー00
水16,844935
1
A: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
D: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2392
ポリマ－75,2392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26120 Å2
手法PISA
2
B: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
C: ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2392
ポリマ－75,2392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.340, 65.850, 116.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.56, 90.00
Int Tables number3
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-445-

HOH

詳細biological active form: dimer

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要素

#1: タンパク質
ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / E.C.2.4.2.18 / anthranilate PRT / trpD


分子量: 37619.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KK8
参照: UniProt: P50384, anthranilate phosphoribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M HEPES pH7.0 or 0.05 M MES pH6.0 & 12-18% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K, pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 詳細: Ivens, A., (2001) Eur.J.Biochem., 268, 2246.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16-8 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH7.0
312-18 %PEG15001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.834 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.834 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→18 Å / Num. obs: 77715 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3382 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 81.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.2 % / Num. unique obs: 3382 / Rmerge(I) obs: 0.242

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 941 1.2 %random
Rwork0.213 ---
obs-77715 92.7 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å2-5.23 Å26.24 Å2
2--0 Å2-1.02 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10499 0 0 935 11434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3442.5
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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