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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kgj | ||||||
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タイトル | Rat transthyretin (also called prealbumin) complex with 3',5'-dibromoflavone (EMD21388) | ||||||
![]() | TRANSTHYRETIN | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / PREALBUMIN / TRANSPORT / DIBROMOFLAVONE / AURONE / THYROID HORMONE | ||||||
機能・相同性 | ![]() The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / hormone binding / Neutrophil degranulation / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex ...The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / hormone binding / Neutrophil degranulation / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wojtczak, A. / Neumann, P. / Muziol, T. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparison of binding interactions of dibromoflavonoids with transthyretin. 著者: Muziol, T. / Cody, V. / Wojtczak, A. #1: ![]() タイトル: Structural Aspects of Inotropic Bipyridine Binding. Crystal Structure Determination to 1.9 A of the Human Serum Transthyretin-Milrinone Complex 著者: Wojtczak, A. / Luft, J.R. / Cody, V. #2: ![]() タイトル: Mechanism of Molecular Recognition. Structural Aspects of 3,3'-Diiodo-L-Thyronine Binding to Human Serum Transthyretin 著者: Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V. #3: ![]() タイトル: Structures of Human Transthyretin Complexed with Thyroxine at 2.0 A Resolution and 3',5'-Dinitro-N-Acetyl-L-Thyronine at 2.2 A Resolution 著者: Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. #4: ![]() タイトル: Structure of New Polymorphic Monoclinic Form of Hum Transthyretin at 3A Resolution Reveals a Mixed Comp between Unliganded and T4-Bound Tetramers of Ttr 著者: Wojtczak, A. / Neumann, P. / Cody, V. #5: ![]() タイトル: STRUCTURE OF RAT (rTTR) TRANSTHYRETIN COMPLEX WITH THYROXINE AT 2.5 A RESOLUTION: FIRST NON-BIASED INS INTO THYROXINE BINDING REVEALS DIFFERENT HORMONE ORIENTATION IN TWO BINDING SITES 著者: Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J. / Pangborn, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 532.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 540.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1gkeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13614.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ammonium sulphate, acetate buffer, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→82.5 Å / Num. obs: 23846 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.86 % / Biso Wilson estimate: 6.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1023 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 886 / % possible all: 81.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 82.5 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: TETRAMER OF RAT TTR, PDB ENTRY 1GKE 解像度: 2.3→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 191939.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: ENGH & Huber / 詳細: maximum likelihood
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.8207 Å2 / ksol: 0.27996 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.065 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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