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- PDB-1kgi: Rat transthyretin (also called prealbumin) complex with 3,3',5,5'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kgi
タイトルRat transthyretin (also called prealbumin) complex with 3,3',5,5'-tetraiodothyroacetic acid (t4ac)
要素TRANSTHYRETIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PREALBUMIN / TRANSPORT / TETRAIODOTHYROACETIC ACID / THYROID HO
機能・相同性
機能・相同性情報


The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of glomerular filtration / small molecule binding / purine nucleobase metabolic process / hormone binding / phototransduction, visible light ...The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of glomerular filtration / small molecule binding / purine nucleobase metabolic process / hormone binding / phototransduction, visible light / molecular sequestering activity / retinoid metabolic process / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex / : / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,3',5,5'-TETRAIODOTHYROACETIC ACID / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wojtczak, A. / Neumann, P. / Muziol, T. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W.
引用
ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2001
タイトル: Complex of rat transthyretin with tetraiodothyroacetic acid refined at 2.1 and 1.8 A resolution.
著者: Muziol, T. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Wojtczak, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Structural Aspects of Inotropic Bipyridine Binding. Crystal Structure Determination to 1.9 A of the Human Serum Transthyretin-Milrinone Complex
著者: Wojtczak, A. / Luft, J.R. / Cody, V.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Mechanism of Molecular Recognition. Structural Aspects of 3,3'-Diiodo-L-Thyronine Binding to Human Serum Transthyretin
著者: Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structures of Human Transthyretin Complexed with Thyroxine at 2.0 A Resolution and 3',5'-Dinitro-N-Acetyl-L-Thyronine at 2.2 A Resolution
著者: Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of New Polymorphic Monoclinic Form of Hum Transthyretin at 3A Resolution Reveals a Mixed Comp between Unliganded and T4-Bound Tetramers of Ttr
著者: Wojtczak, A. / Neumann, P. / Cody, V.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: STRUCTURE OF RAT (rTTR) TRANSTHYRETIN COMPLEX WITH THYROXINE AT 2.5 A RESOLUTION: FIRST NON-BIASED INS INTO THYROXINE BINDING REVEALS DIFFERENT HORMONE ORIENTATION IN TWO BINDING SITES
著者: Wojtczak, A. / Cody, V. / Luft, J. / Pangborn, W.
履歴
登録2001年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
C: TRANSTHYRETIN
D: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9526
ポリマ－54,4574
非ポリマー1,4962
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.510, 81.510, 160.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
TRANSTHYRETIN / Prealbumin / TBPA


分子量: 13614.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: plasma / 参照: UniProt: P02767
#2: 化合物 ChemComp-T4A / 3,3',5,5'-TETRAIODOTHYROACETIC ACID / テトラヨ-ドチロ酢酸


分子量: 747.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8I4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulphate, acetate buffer,, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / タイプ: CHESS / 波長: 0.9109 / 波長: 0.9109 Å
検出器タイプ: HAMLIN/UCSD / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9109 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.787 Å / Num. all: 35710 / Num. obs: 35710 / % possible obs: 70.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.31 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.15 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 884 / % possible all: 28
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 46.7 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 28 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HAMLIN/UCSDデータ収集
HAMLIN/UCSDデータ削減
CNS1.1精密化
UCSD-systemデータ削減
UCSD-systemデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: TETRAMER OF RAT TTR, PDB ENTRY 1GKE

1gke


解像度: 1.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 701266.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2620 8.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.21 35710 --
obs0.204 32345 64.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.616 Å2 / ksol: 0.41342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.47 Å20 Å20 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----4.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3737 0 88 281 4106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.198
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.42.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 36 8.1 %
Rwork0.208 409 -
obs-409 15.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAMETER3C.INPTOPOLOGY3C.INP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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