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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kft | ||||||
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タイトル | Solution Structure of the C-Terminal domain of UvrC from E-coli | ||||||
要素 | Excinuclease ABC subunit C | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / helix-hairpin-helix / HhH domain / DNA-binding domain (DNA結合ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / response to radiation / DNA damage response / DNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / A simulated annealing protocol in Cartesian space was used. Final refinement was done with explicit water. | ||||||
データ登録者 | Singh, S. / Folkers, G.E. / Bonvin, A.M.J.J. / Boelens, R. / Wechselberger, R. / Niztayev, A. / Kaptein, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002 タイトル: Solution structure and DNA-binding properties of the C-terminal domain of UvrC from E.coli 著者: Singh, S. / Folkers, G.E. / Bonvin, A.M.J.J. / Boelens, R. / Wechselberger, R. / Niztayev, A. / Kaptein, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kft.cif.gz | 392.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kft.ent.gz | 330.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kft.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kft | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8579.860 Da / 分子数: 1 / 断片: HhH domain(C-Terminal Domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DE3 / プラスミド: pET13b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-P-Lys-S / 参照: UniProt: P07028, UniProt: P0A8G0*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: A simulated annealing protocol in Cartesian space was used. Final refinement was done with explicit water. ソフトェア番号: 1 詳細: Calculation was done on the basis of 1326 unambiguous and 60 ambiguous distance restraints with the inclusion of 68 dihedral angle constraints. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations,lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: no NOE distance violations > 0.5A and lowest energies after refining the best 50 of the initial 200 in explicit water 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 22 |