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Yorodumi- PDB-1kfr: Structural plasticity in the eight-helix fold of a trematode hemo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1kfr | ||||||
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Title | Structural plasticity in the eight-helix fold of a trematode hemoglobin | ||||||
Components | Hemoglobin | ||||||
Keywords | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / hemoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Paramphistomum epiclitum (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Milani, M. / Pesce, A. / Dewilde, S. / Ascenzi, P. / Moens, L. / Bolognesi, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2002 Title: Structural plasticity in the eight-helix fold of a trematode haemoglobin. Authors: Milani, M. / Pesce, A. / Dewilde, S. / Ascenzi, P. / Moens, L. / Bolognesi, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1kfr.cif.gz | 47.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1kfr.ent.gz | 33.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1kfr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1kfr_validation.pdf.gz | 776.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1kfr_full_validation.pdf.gz | 778.5 KB | Display | |
Data in XML | 1kfr_validation.xml.gz | 10.4 KB | Display | |
Data in CIF | 1kfr_validation.cif.gz | 14.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kfr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16568.924 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Paramphistomum epiclitum (invertebrata) / References: UniProt: P80721 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-HEM / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.36 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X31 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 28, 1997 |
Radiation | Monochromator: Double crystal mono chromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→20 Å / Num. all: 12210 / Num. obs: 12210 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / % possible all: 94.3 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 19 Å / Num. measured all: 66405 / Rmerge(I) obs: 0.106 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 94.3 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→19 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.5 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 19 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.1642 / Rfactor obs: 0.161 / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS Biso mean: 14.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.219 |