PDB-1kfh: Solution Structure of alpha-Bungarotoxin by NMR Spectroscopy

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kfh

タイトル

Solution Structure of alpha-Bungarotoxin by NMR Spectroscopy

要素

alpha-Bungarotoxin

キーワード

TOXIN / alpha-bungarotoxin / long snake neurotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)

手法

溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics, matrix relaxation

データ登録者

Moise, L. / Piserchio, A. / Basus, V.J. / Hawrot, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: NMR structural analysis of alpha-bungarotoxin and its complex with the principal alpha-neurotoxin-binding sequence on the alpha 7 subunit of a neuronal nicotinic acetylcholine receptor.
著者: Moise, L. / Piserchio, A. / Basus, V.J. / Hawrot, E.

履歴

登録	2001年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kfh.cif.gz	280.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kfh.ent.gz	233.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kfh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1kc4C 1kl8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kr1-d 5cdb-d 4p1d-d 6fi1-1 4b6m-1 4cyk-d 6yhz-d 1c7w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: alpha-Bungarotoxin

8.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	13 / 20	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #4	fewest violations

#1: タンパク質	alpha-Bungarotoxin / LONG NEUROTOXIN 1 分子量: 8005.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ) 参照: UniProt: P60615
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY
2	3	2	E-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	4mM alpha-Bungarotoxin pH 5.79 at 288, 298, and 308 degrees K	95% H2O/5% D2O
2	4mM alpha-Bungarotoxin pH 5.79	99.9% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	no buffers, pH adjusted w/HCl and NaOH	5.79	ambient	298 K
2	no buffers, pH adjusted w/DCl and NaOD	5.79	ambient	308 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: GE GN / 製造業者: GE / モデル: GN / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
MARDIGRAS	2	Borgias, B. A., and James, T. L.	iterative matrix relaxation
VEMBED	1	Kuntz, I. D., Thomason, J. F., and Oshiro, C. M.	構造決定
GROMOS	87 4D version	van Schaik, R. C., and van Gunsteren, W. F.	精密化

精密化

手法: distance geometry, molecular dynamics, matrix relaxation
ソフトェア番号: 1
詳細: total number of restraints used: 657, Total number of NOE restraints: 588, Total number of dihedral angle restraints: 60, Used 9 hydrogen-bond restraints

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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関連情報:EMDBヘッダ

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