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- PDB-1kc4: NMR Structural Analysis of the Complex Formed Between alpha-Bunga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kc4
タイトルNMR Structural Analysis of the Complex Formed Between alpha-Bungarotoxin and the Principal alpha-Neurotoxin Binding Sequence on the alpha7 Subunit of a Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptor
要素
  • alpha-bungarotoxin
  • neuronal acetylcholine receptor protein, alpha-7 chain
キーワードTOXIN / alpha-bungarotoxin / nicotinic acetylcholine receptor alpha 7 subunit / alpha-neurotoxin / ligand-gated ion channels / protein-protein interactions / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / ion channel regulator activity / acetylcholine binding / chloride channel regulator activity / synaptic transmission, cholinergic / negative regulation of tumor necrosis factor production / toxic substance binding ...acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / ion channel regulator activity / acetylcholine binding / chloride channel regulator activity / synaptic transmission, cholinergic / negative regulation of tumor necrosis factor production / toxic substance binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of membrane potential / response to nicotine / cognition / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / amyloid-beta binding / toxin activity / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / response to hypoxia / positive regulation of MAPK cascade / neuron projection / axon / positive regulation of cell population proliferation / synapse / dendrite / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / Nicotinic acetylcholine receptor / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily ...Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / Nicotinic acetylcholine receptor / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7 / Alpha-bungarotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法溶液NMR / distance geometry dynamical simulated annealing
データ登録者Moise, L. / Piserchio, A. / Basus, V.J. / Hawrot, E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: NMR structural analysis of alpha-bungarotoxin and its complex with the principal alpha-neurotoxin-binding sequence on the alpha 7 subunit of a neuronal nicotinic acetylcholine receptor.
著者: Moise, L. / Piserchio, A. / Basus, V.J. / Hawrot, E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Chimeric analysis of a neuronal nicotinic acetylcholine receptor reveals amino acids conferring sensitivity to alpha-bungarotoxin.
著者: Levandoski, M.M. / Lin, Y. / Moise, L. / McLaughlin, J.T. / Cooper, E. / Hawrot, E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Identification of sequence segments forming the alpha-bungarotoxin binding sites on two nicotinic acetylcholine receptor alpha subunits from the avian brain.
著者: McLane, K.E. / Wu, X.D. / Schoepfer, R. / Lindstrom, J.M. / Conti-Tronconi, B.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Structural studies of alpha-bungarotoxin. 1. Sequence-specific 1H NMR resonance assignments.
著者: Basus, V.J. / Billeter, M. / Love, R.A. / Stroud, R.M. / Kuntz, I.D.
履歴
登録2001年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-bungarotoxin
B: neuronal acetylcholine receptor protein, alpha-7 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3542
ポリマ－10,3542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -The submitted conformer models are the 10 with the lowest energy from a pool of over 100 accepted structures that had no restraint violations.
代表モデルモデル #1determined by nmrclust 1.2

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要素

#1: タンパク質 alpha-bungarotoxin / long neurotoxin 1


分子量: 8005.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
参照: UniProt: P60615
#2: タンパク質・ペプチド neuronal acetylcholine receptor protein, alpha-7 chain


分子量: 2348.629 Da / 分子数: 1 / Fragment: alpha-neurotoxin binding site / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pET31b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P22770

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 15N-separated NOESY
1413D 15N-separated TOCSY
1512D 1H-15N HSQC
161HNHA
NMR実験の詳細Text: THE WELL-DEFINED REGIONS IN THE COMPLEX, EXHIBITING EXTENSIVE LONG RANGE NOES, ARE: BGTX: 1-16, 22-28, 39-48, AND 54-68 ALPHA 7 19MER: 185-194

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.6 mM alpha-bungarotoxin/[U-15N]-alpha 7 19mer complex 30 mM sodium phosphate, pH 5.5 50 micromolar sodium azide 50 micromolar TMSP95% H2O/5% D2O
21.6 mM alpha-bungarotoxin/[U-15N]-alpha 7 19mer complex 30 mM sodium phosphate, pH 5.5 50 micromolar sodium azide 50 micromolar TMSP99.9% D2O
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1collection
NMRPipe1.8Delaglio, F., et al.解析
Sparky3.87Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
CNS1Brunger, A.T., et al.精密化
精密化手法: distance geometry dynamical simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES: BOND LENGTH(A) 0.0039, ANGLES(DEG) 0.61, IMPROPERS(DEG) 0.53
代表構造選択基準: determined by nmrclust 1.2
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 10 with the lowest energy from a pool of over 100 accepted structures that had no restraint violations.
登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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