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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ker | ||||||
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タイトル | The crystal structure of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase (RmlB) from Streptococcus suis with dTDP-D-glucose bound | ||||||
![]() | dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() dTDP-glucose 4,6-dehydratase / UDP-L-rhamnose synthase activity / UDP-glucose 4,6-dehydratase activity / UDP-rhamnose biosynthetic process / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / flavonol biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Allard, S.T.M. / Beis, K. / Giraud, M.-F. / Hegeman, A.D. / Gross, J.W. / Whitfield, C. / Graninger, M. / Messner, P. / Allen, A.G. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Toward a structural understanding of the dehydratase mechanism. 著者: Allard, S.T. / Beis, K. / Giraud, M.F. / Hegeman, A.D. / Gross, J.W. / Wilmouth, R.C. / Whitfield, C. / Graninger, M. / Messner, P. / Allen, A.G. / Maskell, D.J. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 686.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 697.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38982.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P95780, UniProt: Q8GIP9*PLUS, dTDP-glucose 4,6-dehydratase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 30% w/v PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 5.4, 0.2M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→49.7 Å / Num. obs: 55517 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.232 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8000 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 179806 / Rmerge(I) obs: 0.112 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 8000 / Num. measured obs: 26125 / Rmerge(I) obs: 0.284 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1G1A 解像度: 2.2→49.7 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.17 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 49.7 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.175 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.189 |