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- PDB-1kdm: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kdm
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN (TETRAGONAL CRYSTAL FORM)
要素sex hormone-binding globulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SHBG / DHT / tetragonal crystal form
機能・相同性
機能・相同性情報


androgen binding / steroid binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / Sex hormone-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Avvakumov, G.V. / Hammond, G.L. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Resolution of a disordered region at the entrance of the human sex hormone-binding globulin steroid-binding site.
著者: Grishkovskaya, I. / Avvakumov, G.V. / Hammond, G.L. / Muller, Y.A.
履歴
登録2001年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9863
ポリマ－19,6551
非ポリマー3312
水1,29772
1
A: sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子

A: sex hormone-binding globulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9726
ポリマ－39,3112
非ポリマー6614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)52.240, 52.240, 148.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

HOH

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要素

#1: タンパク質 sex hormone-binding globulin


分子量: 19655.336 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal LG-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P04278
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
詳細: Grishkovskaya, I., (1999) Acta Crystallog. D55, 2053.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
113 mg/mlprotein1drop
280 mMimidazole-HCl1droppH7.5
31 mM1dropCaCl2
40.010 mMDHT1drop
510 %2-propanol1reservoir
620 %PEG40001reservoir
7100 mMsodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. all: 8915 / Num. obs: 8915 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.379 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 72753
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
REFMAC精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.35→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 896 RANDOM
Rwork0.193 --
obs-7986 -
原子変位パラメータBiso mean: 35.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1378 0 22 72 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.039
LS精密化 シェル最高解像度: 2.35 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.264 896
Rwork0.193 -
obs-7986
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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