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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kcf
タイトルCrystal Structure of the Yeast Mitochondrial Holliday Junction Resolvase, Ydc2
要素HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta-alpha-beta motif / RuvC resolvase family
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial chromosome / crossover junction endodeoxyribonuclease / crossed form four-way junction DNA binding / flap-structured DNA binding / crossover junction DNA endonuclease activity / Y-form DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / four-way junction DNA binding / DNA endonuclease activity ...mitochondrial chromosome / crossover junction endodeoxyribonuclease / crossed form four-way junction DNA binding / flap-structured DNA binding / crossover junction DNA endonuclease activity / Y-form DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / four-way junction DNA binding / DNA endonuclease activity / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial resolvase Ydc2, catalytic / Mrs1/Cce1 / Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1 / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily ...Mitochondrial resolvase Ydc2, catalytic / Mrs1/Cce1 / Mitochondrial resolvase Ydc2 / RNA splicing MRS1 / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cruciform cutting endonuclease 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / Single Wavelength Anomalous Dispersion / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ceschini, S. / Keeley, A. / McAlister, M.S.B. / Oram, M. / Phelan, J. / Pearl, L.H. / Tsaneva, I.R. / Barrett, T.E.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the fission yeast mitochondrial Holliday junction resolvase Ydc2.
著者: Ceschini, S. / Keeley, A. / McAlister, M.S. / Oram, M. / Phelan, J. / Pearl, L.H. / Tsaneva, I.R. / Barrett, T.E.
履歴
登録2001年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
B: HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6884
ポリマ－60,4962
非ポリマー1922
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.000, 133.940, 73.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL 30.2 KD PROTEIN C25G10.02 IN CHROMOSOME I


分子量: 30247.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC25G10.02 / プラスミド: pET21a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q10423, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.9257.86
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2871マイクロバッチ法4.6Ammonium Sulphate, Sodium acetate, pH 4.6, microbatch, temperature 287K
2872マイクロバッチ法8.5Dihydrogen Phosphate, Tris-Hcl, pH 8.5, microbatch, temperature 287K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.0 Mammonium sulfate11or dihydrogen phosphate
20.1 Msodium acetate11pH4.6
30.1 MTris-HCl11pH8.5
40.5 Mlithium sulfate monohydrate11
515 %(w/v)PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月31日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Sagitally focused Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.34 Å / Num. all: 35212 / Num. obs: 31239 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4787 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.219

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: Single Wavelength Anomalous Dispersion
解像度: 2.3→29.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1517194.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used bulk solvent correction, simulated annealing, energy minimization, overall and indvidual B-factor refinement. A maximum likelihood refinent target was also used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1518 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.242 31239 --
obs0.242 31239 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.7635 Å2 / ksol: 0.366887 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.7 Å20 Å20 Å2
2---7.53 Å20 Å2
3----6.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3738 0 10 220 3968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.632.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 236 4.9 %
Rwork0.268 4551 -
obs-4787 90.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.238 / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 55.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.682
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.632.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.302 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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