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- PDB-4wq5: YgjD(V85E)-YeaZ heterodimer in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wq5
タイトルYgjD(V85E)-YeaZ heterodimer in complex with ATP
要素
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
  • tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
キーワードTRANSFERASE / heterodimer / YgjD-YeaZ / Val85Glu / t6A
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosylation-dependent protein binding / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / maintenance of translational fidelity / metallopeptidase activity / iron ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Zhang, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
著者: Zhang, W. / Collinet, B. / Perrochia, L. / Durand, D. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2014年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,62519
ポリマ－125,8864
非ポリマー1,73915
水2,072115
1
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,88411
ポリマ－62,9432
非ポリマー9429
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
2
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7408
ポリマ－62,9432
非ポリマー7986
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.690, 68.080, 87.340
Angle α, β, γ (deg.)109.31, 92.56, 117.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 331
2010B1 - 331
1020C1 - 229
2020D1 - 229

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD


分子量: 36909.219 Da / 分子数: 2 / 変異: V85E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tsaD, gcp, ygjD, b3064, JW3036
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P05852, EC: 2.6.99.4
#2: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB


分子量: 26033.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tsaB, yeaZ, b1807, JW1796
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P76256

-
非ポリマー , 6種, 130分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 26% PEG4000, 0.3 M Lithium Sulfate and 0.1 Sodium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 48866 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.34 % / Net I/σ(I): 13.06

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.33→42.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.35 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23323 2530 5 %RANDOM
Rwork0.17981 ---
obs0.1825 48069 95.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20.13 Å2-0.13 Å2
2--0.74 Å20.76 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→42.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8153 0 104 115 8372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.027875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.97111483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.348318017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.19951118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57923.579299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.233151246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0651547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0219650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.021831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8165.3884495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8045.3844488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9089.0885602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9089.095603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0475.7753933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0475.7753934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5859.545882
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.75213.16936020
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.75213.16936021
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A167100.14
12B167100.14
21C122750.15
22D122750.15
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 145 -
Rwork0.267 2755 -
obs--74.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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