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- PDB-3zet: Structure of a Salmonella typhimurium YgjD-YeaZ heterodimer. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zet
タイトルStructure of a Salmonella typhimurium YgjD-YeaZ heterodimer.
要素
  • PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP
  • PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
キーワードHYDROLASE / YJEE / NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / iron ion binding / nucleotide binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM STR. ST4/74 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Thompson, P. / El Omari, K. / Lockyer, M. / Charles, I. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
著者: Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Thompson, P. / Omari, K.E. / Lockyer, M. / Charles, I. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
B: PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1125
ポリマ－60,4892
非ポリマー6233
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-37.7 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.152, 61.663, 83.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ / YEAZ


分子量: 24507.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM STR. ST4/74 (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E8X8J1
#2: タンパク質 PROBABLE TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN GCP / YGJD / T(6)A37 THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN


分子量: 35981.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TITLE STRUCTURE OF A SALMONELLA TYPHIMURIUM YGJD-YEAZ HETERODIMER.
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM STR. ST4/74 (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E8XBD7

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非ポリマー , 4種, 210分子

#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 20 GLYCEROL, 16 POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 0.080 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.160 M MAGNESIUM ACETATE, 20 MM CADMIUM CHLORIDE DIHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 26090 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 5.2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→34.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9018 / SU R Cruickshank DPI: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.309 / SU Rfree Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.227
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=4460. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=4460. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 1316 5.07 %RANDOM
Rwork0.1781 ---
obs0.1811 25974 96.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.971 Å20 Å2-3.5039 Å2
2---1.9195 Å20 Å2
3---2.8905 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.268 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→34.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4219 0 35 207 4461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.035890HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1981SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes93HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes655HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4338HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion567SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5114SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.4 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 152 5.02 %
Rwork0.2126 2874 -
all0.2162 3026 -
obs--96.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09020.32940.02190.81150.16651.53680.05430.05670.02460.03340.03320.02160.0167-0.0731-0.0874-0.03770.0184-0.0101-0.05470.0227-0.021423.9168-2.367816.0014
20.88940.1806-0.36130.44190.15451.52990.0846-0.105-0.11770.0584-0.0266-0.03470.04080.1565-0.058-0.0394-0.0252-0.0208-0.07110.0095-0.009630.19711.066954.7504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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