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- PDB-1kc3: Crystal structure of dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase (Rm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kc3
タイトルCrystal structure of dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase (RmlD) in complex with NADPH and dTDP-L-rhamnose
要素dTDP-glucose oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossman-fold / sugar-nucleotide-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Kerr, I.D. / Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G.A. / Whitfield, C. / Messner, P. / Graninger, M. / Naismith, J.H.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Variation on a theme of SDR. dTDP-6-deoxy-L- lyxo-4-hexulose reductase (RmlD) shows a new Mg2+-dependent dimerization mode.
著者: Blankenfeldt, W. / Kerr, I.D. / Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G. / Whitfield, C. / Messner, P. / Graninger, M. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Overexpression, purification, crystallisation and preliminary structural study of dTDP-6-deoxy-lyxo-4-reductase (RmlD) the fourth enzyme of the dTDP-rhanose synthesis pathway,from ...タイトル: Overexpression, purification, crystallisation and preliminary structural study of dTDP-6-deoxy-lyxo-4-reductase (RmlD) the fourth enzyme of the dTDP-rhanose synthesis pathway,from Salmonella entrica serovar Typhimurim
著者: Giraud, M.F. / McMiken, H.J. / Leonard, G.A. / Messner, P. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The rhamnose pathway
著者: Giraud, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2001年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-glucose oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9084
ポリマ－32,5901
非ポリマー1,3183
水1,67593
1
A: dTDP-glucose oxidoreductase
ヘテロ分子

A: dTDP-glucose oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8168
ポリマ－65,1802
非ポリマー2,6366
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.980, 72.261, 82.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

MG

詳細The biological assembly is a dimer generated by the twofold axis along c: -x, -y, z.

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要素

#1: タンパク質 dTDP-glucose oxidoreductase / E.C.1.1.1.133 / dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase / DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE REDUCTASE / DTDP-4-KETO-L- ...dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase / DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE REDUCTASE / DTDP-4-KETO-L-RHAMNOSE REDUCTASE / DTDP-6-DEOXY-L-MANNOSE DEHYDROGENASE / DTDP-L-RHAMNOSE SYNTHETASE / rfbA protein / TDP-rhamnose synthetase


分子量: 32589.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: rfbA / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lambda DE3)pLysS / 参照: UniProt: P26392, dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-TRH / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-L-ラムノ-ス


分子量: 548.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O15P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: HEPES, PEG-MME 5000, MgCl2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
122 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH7.1
30.2 M1reservoirMgCl2
44 mMdithiothreitol1reservoir
52.5 mMNADPH1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→28.75 Å / Num. all: 7905 / Num. obs: 7905 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 28521 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.377

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→28.87 Å / SU B: 18.382 / SU ML: 0.364 / SU Rfree: 0.449 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLS-option with cofactor-binding, substrate-binding domains and waters as three separate TLS-bodies was used throughout
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28897 413 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.198697 7806 --
obs0.196 7806 98.67 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.95 Å20 Å20 Å2
2---5.28 Å20 Å2
3----0.67 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.449 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2287 0 84 93 2464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2821.987
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9381.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2663
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.1954.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 30
Rwork0.214 -
obs-581
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.198697 / Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rfree: 0.289 / Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.28
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.291 / Rfactor Rwork: 0.213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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