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万見
- PDB-1kbi: Crystallographic Study of the Recombinant Flavin-binding Domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kbi
タイトルCrystallographic Study of the Recombinant Flavin-binding Domain of Baker's Yeast Flavocytochrome b2: Comparison with the Intact Wild-type Enzyme
要素CYTOCHROME B2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavocytochrome b2 / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate metabolic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. ...L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / PYRUVIC ACID / L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cunane, L.M. / Barton, J.D. / Chen, Z.-W. / Welsh, F.E. / Chapman, S.K. / Reid, G.A. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of Baker's yeast flavocytochrome b(2): comparison with the intact wild-type enzyme.
著者: Cunane, L.M. / Barton, J.D. / Chen, Z.W. / Welsh, F.E. / Chapman, S.K. / Reid, G.A. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Molecular Structure of Flavocytochrome b2 at 2.4 A Resolution
著者: Xia, Z.X. / Mathews, F.S.
#2: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 1995
タイトル: Isolation and Characterization of the Flavin-binding Domain of Flavocytochrome b2 Expressed Independently in Escherichia coli
著者: Blame, A. / Brunt, C.E. / Pallister, R.L. / Chapman, S.K. / Reid, G.A.
履歴
登録2001年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B2
B: CYTOCHROME B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,63112
ポリマ－113,3282
非ポリマー2,30310
水11,133618
1
A: CYTOCHROME B2
B: CYTOCHROME B2
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME B2
B: CYTOCHROME B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,26224
ポリマ－226,6564
非ポリマー4,60620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area38190 Å2
ΔGint-312 kcal/mol
Surface area61660 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)164.160, 164.160, 111.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-900-

PO4

詳細The enzyme is a homotetramer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CYTOCHROME B2 / L-LCR


分子量: 56663.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00175, L-lactate dehydrogenase (cytochrome)

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非ポリマー , 6種, 628分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.2
詳細: phosphate buffer, D,L-lactate, EDTA, MPD, pH 7.2, MICRODIALYSIS, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-7.5 mg/mlprotein11
250 mMphosphate11pH7.2
350 mMD,L-lactate11
41 mMEDTA11
530-33 %(v/v)MPD12
670 mMphosphate12pH7.2
747 mMD,L-lactate12
81 mMEDTA12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 174544 / Num. obs: 157962 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 73.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 65248 / Num. measured all: 157962 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 73.7 % / Rmerge(I) obs: 0.207

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1FCB

1fcb


解像度: 2.3→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 6138 -RANDOM
Rwork0.17 ---
all-77081 --
obs-62046 80.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7056 0 154 618 7828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.3-2.460.2778010.228X-RAY DIFFRACTION8212
2.46-2.640.2768330.223X-RAY DIFFRACTION8427
2.64-2.90.2499350.197X-RAY DIFFRACTION9190
2.9-3.30.21510530.174X-RAY DIFFRACTION10617
3.3-4.240.19213580.153X-RAY DIFFRACTION13547
4.24-300.19411580.157X-RAY DIFFRACTION12153
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.211 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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